Поиск

Основные функции программы включают: Обратная трансляция аминокислотной последовательности с оптимизацией кодонного состава под определённый организм. Оптимизация кодонного состава входной нуклеотидной последовательности. Исключение определённых сайтов рестрикции и/или сплайсинга и/или пользовательских мотивов из нуклеотидной последовательности. Разбиение нуклеотидной последовательности на олигонуклеотиды для последующей сборки одним из методов: Polymerase Cycling Assembly (PCA), Thermodynamically Balanced Inside-Out (TBIO). Разбиение нуклеотидной последовательности на длинные блоки для последующей сборки одним из методов: Gibson assembly, Overlap extension PCR. Клонирование одного или нескольких фрагментов в плазмиду одним из методов: Gibson assembly, Gateway.

Создание, редактирование и аннотирование последовательностей нуклеиновых кислот и белков. Поиск по онлайн-базам данных: NCBI, ENSEMBL, PDB, SWISS-PROT, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL, UniProt(DAS), Ensembl Human Genes (DAS). Множественное выравнивание последовательностей: ClustalW, ClustalO, MUSCLE, Kalign, MAFFT, T-Coffee. Онлайн и локальный поиск BLAST+ Рестрикционный анализ с использованием интегрированной базы данных ферментов рестрикции REBASE Интегрированный пакет Primer3 для разработки праймеров для ПЦР Поиск прямых, инвертированных и тандемных повторов в последовательностях ДНК. Построение точечных диаграмм для последовательностей нуклеиновых кислот Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов (TFBS) с помощью весовой матрицы и алгоритмов SITECON. Согласование коротких чтений с Bowtie, Bowtie 2, BWA, BWA-SW и UGENE Genome Aligner Сборка контига с CAP3 Поиск ORF Клонирование in silico Просмотрщик 3D-структур файлов в форматах PDB и MMDB, поддержка анаглифного просмотра. Прогнозирование вторичной структуры белка с помощью алгоритмов GOR IV и PSIPRED Интеграция пакетов HMMER2 и HMMER3 Построение (с использованием интегрированных пакетов PHYLIP и MrBayes) и просмотр филогенетических деревьев. Локальное выравнивание последовательностей с помощью оптимизированного алгоритма Смита-Уотермана Объединение различных алгоритмов в пользовательские рабочие процессы с помощью UGENE Workflow Designer. Поиск шаблона результатов различных алгоритмов в последовательности нуклеиновой кислоты с помощью UGENE Query Designer Визуализация данных секвенирования следующего поколения (файлы BAM) с помощью браузера сборок UGENE. ПЦР in silico Ассемблер Spade (Spanning-tree Progression Analysis of Density-normalized Events) de novo

Unipro UGENE предоставляет множество методов обработки генетических и белковых последовательностей. Это — анализ, аннотирование, сравнение, поиск, выравнивание, моделирование, комплексные вычисления. Разнообразная визуализация, навигация и масштабирование, поддержка множества генетических форматов данных , оптимизация алгоритмов, возможности редактирования и графического построения различных вычислительных схем существенно ускоряют работу. UGENE отлично работает на Windows, Mac OS, Linux и прост в установке и использовании. Обладает интерфейсом как на русском, так и на английском языке. Редактирование и аннотирование последовательностей Поиск функциональных элементов и гомологов Выравнивание и филогения Клонирование in silico/ПЦР in silico Работа с хроматограммами Обработка данных NGS — сборка и визуализация генома, транскриптома, ChiP-Seq Поиск геномных вариаций Поиск в удаленных базах данных Дизайнер вычислительных схем для многошагового анализа с десятками готовых схем

Сервис позволяет сканировать последовательность с максимальной длиной 40 000 аминокислот на наличие совпадений с базами данных сигнатур белков.

Программа SeqBase написана на языке C#, программная платформа .NET Framework 4.0, и выполняется в среде исполнения CLR (Common Language Runtime) для операционных систем семейства Windows. Адрес установочного пакета программы SeqBase: http://www.epigenetic.ru/projects/seqbase.

Мощная интегрированная база данных, собранная по наиболее известным мировым источникам молекулярно-биологических данных. Промышленная бета-версия находится на стадии тестирования.. Инструмент помогает: быстро получать исчерпывающую информацию по каждой вариации (гены, риски, болезни) выбирать интересующие вариации, с помощью программных фильтров (по болезням, по положению в генах/хромосомах, по повреждающему эффекту, по встречаемости, а также неизвестные) детально визуализировать интересующие вариации Бета-версия доступна по запросу на snp-dev[ ]unipro.ru

Метод обратного титрования в динамическом и ручном режимах. Калибровка рабочего электрода по концентрации. Многопиковая обработка (обработка нескольких эквивалентных точек с ручной и автоматической разметкой пиков 1-й производной кривой титрования). Фильтрация кривых титрования четырьмя фильтрами (низкочастотный, скользящее среднее, по методу наименьших квадратов и фильтр, вырезающий сбойные участки). Фильтрация выполняется каждым фильтром в отдельности или одновременно несколькими. Возможность редактирования и печати протоколов измерения. Одновременная загрузка нескольких протоколов измерения. Редактор текста методики. Управление проведением измерений различными методами объёмного титрования (прямое, обратное, нейтрализации, окисления-восстановления, комплексонометрии и т.д.). Построение отчётов в соответствии с требованиями нормативного ​документа. Сохранение протокола измерения в базе данных. Создание собственных методик измерений​. Разработка новых и изменение существующих механизмов обработки результатов измерений​. Разработка новых и корректировка существующих протоколов и печатных форм​.

Autobone — это сервис автоматического компьютерного проектирования персонализированных черепных имплантатов. Внимание сосредоточено на персонализации имплантируемых медицинских изделий, что является мировой тенденцией. Чтобы сократить время, затрачиваемое на их проектирование, Autobone использует методы машинного обучения для автоматизированного построения недостающих фрагментов костей черепа и последующего моделирования на их основе отдельных имплантатов.

Загрузка и обработка данных Автоматическое распознавание платформ секвенирования и типов данных Поддержка различных форматов входных файлов: FASTQ, BAM, VCF Обработка данных происходит в автоматическом режиме и не требует вмешательства Все недочеты в данных будут выявлены на этапе обработки и продемонстрированы пользователю Variant Viewer — инструмент для просмотра генетических вариантов Удобный и интуитивно понятный интерфейс Гибкость функционала за счет системы продвинутых фильтров Обработка миллионов генетических вариантов Аннотация ClinVar, Ensembl, 1KG, dbNSFP, dbSNP, gnomAD v3, VarSome и другие открытые базы Интеграция с IGV, PubMed, HPO, Google Scholar Автоматический поиск по научным публикациям и актуальным рекомендациям профессионального сообщества по различным нозологиям Возможность использовать собственную базу генетических находок

Наш инструмент помогает: быстро получать исчерпывающую информацию по каждой вариации (гены, риски, болезни) выбирать интересующие вариации, с помощью программных фильтров (по болезням, по положению в генах/хромосомах, по повреждающему эффекту, по встречаемости, а также неизвестные) детально визуализировать интересующие вариации Вариации можно загружать в любом доступном формате (vcg, gvf, …) полученные в любом исследовании, будь то секвенирование, PCR диагностика или микрочиповый анализ. Каждая загруженная вариация сравнивается с объединенной базой данных, собранной из курируемых открытых мировых источников (UCSC, OMIM, GAD,…) , и сводная информация выдается единым блоком. Можно отбирать из загруженных вариаций разные списки, удовлетворяющие критериям поиска. Отчет можно распечатать как по списку вариаций, так и по каждой в отдельности.

Система предназначена для достижения следующих целей: - Повышение эффективности деятельности лаборатории за счет ликвидации рутинных и дублирующих операций, применения принципа однократного ввода информации в Систему; - Повышение производительности за счет эффективного использования лабораторного оборудования и оптимизации использования рабочего времени сотрудников; - Обеспечение полноты, отслеживаемости и прозрачности выполняемых процессов за счет работы в единой базе данных на всех этапах; - Повышение оперативности и эффективности принятия управленческих решений.

Целевая программа программного комплекса Titrate-5.0 для измерения хлористых солей в нефти и нефтепродуктах по ГОСТ 21534-76(А), ASTM В 6470-99.