UGENE - открытая платформа биоинформатики

Создание, редактирование и аннотирование последовательностей нуклеиновых кислот и белков. Поиск по онлайн-базам данных: NCBI, ENSEMBL, PDB, SWISS-PROT, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL, UniProt(DAS), Ensembl Human Genes (DAS). Множественное выравнивание последовательностей: ClustalW, ClustalO, MUSCLE, Kalign, MAFFT, T-Coffee. Онлайн и локальный поиск BLAST+ Рестрикционный анализ с использованием интегрированной базы данных ферментов рестрикции REBASE Интегрированный пакет Primer3 для разработки праймеров для ПЦР Поиск прямых, инвертированных и тандемных повторов в последовательностях ДНК. Построение точечных диаграмм для последовательностей нуклеиновых кислот Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов (TFBS) с помощью весовой матрицы и алгоритмов SITECON. Согласование коротких чтений с Bowtie, Bowtie 2, BWA, BWA-SW и UGENE Genome Aligner Сборка контига с CAP3 Поиск ORF Клонирование in silico Просмотрщик 3D-структур файлов в форматах PDB и MMDB, поддержка анаглифного просмотра. Прогнозирование вторичной структуры белка с помощью алгоритмов GOR IV и PSIPRED Интеграция пакетов HMMER2 и HMMER3 Построение (с использованием интегрированных пакетов PHYLIP и MrBayes) и просмотр филогенетических деревьев. Локальное выравнивание последовательностей с помощью оптимизированного алгоритма Смита-Уотермана Объединение различных алгоритмов в пользовательские рабочие процессы с помощью UGENE Workflow Designer. Поиск шаблона результатов различных алгоритмов в последовательности нуклеиновой кислоты с помощью UGENE Query Designer Визуализация данных секвенирования следующего поколения (файлы BAM) с помощью браузера сборок UGENE. ПЦР in silico Ассемблер Spade (Spanning-tree Progression Analysis of Density-normalized Events) de novo

Основные функции программы включают: Обратная трансляция аминокислотной последовательности с оптимизацией кодонного состава под определённый организм. Оптимизация кодонного состава входной нуклеотидной последовательности. Исключение определённых сайтов рестрикции и/или сплайсинга и/или пользовательских мотивов из нуклеотидной последовательности. Разбиение нуклеотидной последовательности на олигонуклеотиды для последующей сборки одним из методов: Polymerase Cycling Assembly (PCA), Thermodynamically Balanced Inside-Out (TBIO). Разбиение нуклеотидной последовательности на длинные блоки для последующей сборки одним из методов: Gibson assembly, Overlap extension PCR. Клонирование одного или нескольких фрагментов в плазмиду одним из методов: Gibson assembly, Gateway.

Программа SeqBase написана на языке C#, программная платформа .NET Framework 4.0, и выполняется в среде исполнения CLR (Common Language Runtime) для операционных систем семейства Windows. Адрес установочного пакета программы SeqBase: http://www.epigenetic.ru/projects/seqbase.

Мощная интегрированная база данных, собранная по наиболее известным мировым источникам молекулярно-биологических данных. Промышленная бета-версия находится на стадии тестирования.. Инструмент помогает: быстро получать исчерпывающую информацию по каждой вариации (гены, риски, болезни) выбирать интересующие вариации, с помощью программных фильтров (по болезням, по положению в генах/хромосомах, по повреждающему эффекту, по встречаемости, а также неизвестные) детально визуализировать интересующие вариации Бета-версия доступна по запросу на snp-dev[ ]unipro.ru

Загрузка и обработка данных Автоматическое распознавание платформ секвенирования и типов данных Поддержка различных форматов входных файлов: FASTQ, BAM, VCF Обработка данных происходит в автоматическом режиме и не требует вмешательства Все недочеты в данных будут выявлены на этапе обработки и продемонстрированы пользователю Variant Viewer — инструмент для просмотра генетических вариантов Удобный и интуитивно понятный интерфейс Гибкость функционала за счет системы продвинутых фильтров Обработка миллионов генетических вариантов Аннотация ClinVar, Ensembl, 1KG, dbNSFP, dbSNP, gnomAD v3, VarSome и другие открытые базы Интеграция с IGV, PubMed, HPO, Google Scholar Автоматический поиск по научным публикациям и актуальным рекомендациям профессионального сообщества по различным нозологиям Возможность использовать собственную базу генетических находок

Сервис позволяет сканировать последовательность с максимальной длиной 40 000 аминокислот на наличие совпадений с базами данных сигнатур белков.

Наш инструмент помогает: быстро получать исчерпывающую информацию по каждой вариации (гены, риски, болезни) выбирать интересующие вариации, с помощью программных фильтров (по болезням, по положению в генах/хромосомах, по повреждающему эффекту, по встречаемости, а также неизвестные) детально визуализировать интересующие вариации Вариации можно загружать в любом доступном формате (vcg, gvf, …) полученные в любом исследовании, будь то секвенирование, PCR диагностика или микрочиповый анализ. Каждая загруженная вариация сравнивается с объединенной базой данных, собранной из курируемых открытых мировых источников (UCSC, OMIM, GAD,…) , и сводная информация выдается единым блоком. Можно отбирать из загруженных вариаций разные списки, удовлетворяющие критериям поиска. Отчет можно распечатать как по списку вариаций, так и по каждой в отдельности.