Unipro UGENE

Создание, редактирование и аннотирование последовательностей нуклеиновых кислот и белков.
Поиск по онлайн-базам данных: NCBI, ENSEMBL, PDB, SWISS-PROT, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL, UniProt(DAS), Ensembl Human Genes (DAS).
Множественное выравнивание последовательностей: ClustalW, ClustalO, MUSCLE, Kalign, MAFFT, T-Coffee.
Онлайн и локальный поиск BLAST+
Рестрикционный анализ с использованием интегрированной базы данных ферментов рестрикции REBASE
Интегрированный пакет Primer3 для разработки праймеров для ПЦР
Поиск прямых, инвертированных и тандемных повторов в последовательностях ДНК.
Построение точечных диаграмм для последовательностей нуклеиновых кислот
Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов (TFBS) с помощью весовой матрицы и алгоритмов SITECON.
Согласование коротких чтений с Bowtie, Bowtie 2, BWA, BWA-SW и UGENE Genome Aligner
Сборка контига с CAP3
Поиск ORF
Клонирование in silico
Просмотрщик 3D-структур файлов в форматах PDB и MMDB, поддержка анаглифного просмотра.
Прогнозирование вторичной структуры белка с помощью алгоритмов GOR IV и PSIPRED
Интеграция пакетов HMMER2 и HMMER3
Построение (с использованием интегрированных пакетов PHYLIP и MrBayes) и просмотр филогенетических деревьев.
Локальное выравнивание последовательностей с помощью оптимизированного алгоритма Смита-Уотермана
Объединение различных алгоритмов в пользовательские рабочие процессы с помощью UGENE Workflow Designer.
Поиск шаблона результатов различных алгоритмов в последовательности нуклеиновой кислоты с помощью UGENE Query Designer
Визуализация данных секвенирования следующего поколения (файлы BAM) с помощью браузера сборок UGENE.
ПЦР in silico
Ассемблер Spade (Spanning-tree Progression Analysis of Density-normalized Events) de novo