Protomenal

Программа SeqBase написана на языке C#, программная платформа .NET Framework 4.0, и выполняется в среде исполнения CLR (Common Language Runtime) для операционных систем семейства Windows. Адрес установочного пакета программы SeqBase: http://www.epigenetic.ru/projects/seqbase.

Новая клиентская часть системы GeneNet. Она предоставляет возможности создания, редактирования и дальнейшего анализа генных сетей. GeneNetStudio поддерживает систему отсеков, которые позволяют описывать генную сеть на основе пространственных особенностей. Программный комплекс включает в себя такие подсистемы: (1) поиск схем регулирования; (2) филогенетический распад генной сети; (3) преобразование ассоциативно-семантических сетей молекулярно-генетических взаимодействий из системы ANDCell в генные сети; (4) преобразование сетевых моделей в двудольное представление и другие. В состав системы GeneNet входят: база данных по компонентам генной сети, Java-программа для визуализации данных. Разработчики программы: Группа моделирования молекулярно-генетических систем Института цитологии и генетики СО РАН

База данных ArtSite предназначена для аннотации экспериментальной информации по структуре сайтов связывания транскрипционных факторов (ТФ) у про- и эукариот. База основана на описании структуры сайтов связывания ТФ с помощью частотных матриц, которые построены в результате выравнивания представительных выборок нуклеотидных последовательностей сайтов связывания ТФ. Выборки сайтов созданы на основе in vitro синтезированных последовательностей, выявленных с помощью различных методов селекции, и описанных в научных статьях, опубликованных в открытой печати. Матрицы были построены на основе выравниваний репрезентативных выборок сайтов связывания транскрипционных факторов, содержащих в общей сложности более 10 тысяч последовательностей. Язык программирования: Icarus СУБД: Sequence Retrieval System (SRS) Разработчики программы (базы данных): Хлебодарова Тамара Михайловна

Загрузка и обработка данных Автоматическое распознавание платформ секвенирования и типов данных Поддержка различных форматов входных файлов: FASTQ, BAM, VCF Обработка данных происходит в автоматическом режиме и не требует вмешательства Все недочеты в данных будут выявлены на этапе обработки и продемонстрированы пользователю Variant Viewer — инструмент для просмотра генетических вариантов Удобный и интуитивно понятный интерфейс Гибкость функционала за счет системы продвинутых фильтров Обработка миллионов генетических вариантов Аннотация ClinVar, Ensembl, 1KG, dbNSFP, dbSNP, gnomAD v3, VarSome и другие открытые базы Интеграция с IGV, PubMed, HPO, Google Scholar Автоматический поиск по научным публикациям и актуальным рекомендациям профессионального сообщества по различным нозологиям Возможность использовать собственную базу генетических находок

Основные функции программы включают: Обратная трансляция аминокислотной последовательности с оптимизацией кодонного состава под определённый организм. Оптимизация кодонного состава входной нуклеотидной последовательности. Исключение определённых сайтов рестрикции и/или сплайсинга и/или пользовательских мотивов из нуклеотидной последовательности. Разбиение нуклеотидной последовательности на олигонуклеотиды для последующей сборки одним из методов: Polymerase Cycling Assembly (PCA), Thermodynamically Balanced Inside-Out (TBIO). Разбиение нуклеотидной последовательности на длинные блоки для последующей сборки одним из методов: Gibson assembly, Overlap extension PCR. Клонирование одного или нескольких фрагментов в плазмиду одним из методов: Gibson assembly, Gateway.

Unipro UGENE предоставляет множество методов обработки генетических и белковых последовательностей. Это — анализ, аннотирование, сравнение, поиск, выравнивание, моделирование, комплексные вычисления. Разнообразная визуализация, навигация и масштабирование, поддержка множества генетических форматов данных , оптимизация алгоритмов, возможности редактирования и графического построения различных вычислительных схем существенно ускоряют работу. UGENE отлично работает на Windows, Mac OS, Linux и прост в установке и использовании. Обладает интерфейсом как на русском, так и на английском языке. Редактирование и аннотирование последовательностей Поиск функциональных элементов и гомологов Выравнивание и филогения Клонирование in silico/ПЦР in silico Работа с хроматограммами Обработка данных NGS — сборка и визуализация генома, транскриптома, ChiP-Seq Поиск геномных вариаций Поиск в удаленных базах данных Дизайнер вычислительных схем для многошагового анализа с десятками готовых схем

Создание, редактирование и аннотирование последовательностей нуклеиновых кислот и белков. Поиск по онлайн-базам данных: NCBI, ENSEMBL, PDB, SWISS-PROT, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL, UniProt(DAS), Ensembl Human Genes (DAS). Множественное выравнивание последовательностей: ClustalW, ClustalO, MUSCLE, Kalign, MAFFT, T-Coffee. Онлайн и локальный поиск BLAST+ Рестрикционный анализ с использованием интегрированной базы данных ферментов рестрикции REBASE Интегрированный пакет Primer3 для разработки праймеров для ПЦР Поиск прямых, инвертированных и тандемных повторов в последовательностях ДНК. Построение точечных диаграмм для последовательностей нуклеиновых кислот Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов (TFBS) с помощью весовой матрицы и алгоритмов SITECON. Согласование коротких чтений с Bowtie, Bowtie 2, BWA, BWA-SW и UGENE Genome Aligner Сборка контига с CAP3 Поиск ORF Клонирование in silico Просмотрщик 3D-структур файлов в форматах PDB и MMDB, поддержка анаглифного просмотра. Прогнозирование вторичной структуры белка с помощью алгоритмов GOR IV и PSIPRED Интеграция пакетов HMMER2 и HMMER3 Построение (с использованием интегрированных пакетов PHYLIP и MrBayes) и просмотр филогенетических деревьев. Локальное выравнивание последовательностей с помощью оптимизированного алгоритма Смита-Уотермана Объединение различных алгоритмов в пользовательские рабочие процессы с помощью UGENE Workflow Designer. Поиск шаблона результатов различных алгоритмов в последовательности нуклеиновой кислоты с помощью UGENE Query Designer Визуализация данных секвенирования следующего поколения (файлы BAM) с помощью браузера сборок UGENE. ПЦР in silico Ассемблер Spade (Spanning-tree Progression Analysis of Density-normalized Events) de novo

Мощная интегрированная база данных, собранная по наиболее известным мировым источникам молекулярно-биологических данных. Промышленная бета-версия находится на стадии тестирования.. Инструмент помогает: быстро получать исчерпывающую информацию по каждой вариации (гены, риски, болезни) выбирать интересующие вариации, с помощью программных фильтров (по болезням, по положению в генах/хромосомах, по повреждающему эффекту, по встречаемости, а также неизвестные) детально визуализировать интересующие вариации Бета-версия доступна по запросу на snp-dev[ ]unipro.ru

Наш инструмент помогает: быстро получать исчерпывающую информацию по каждой вариации (гены, риски, болезни) выбирать интересующие вариации, с помощью программных фильтров (по болезням, по положению в генах/хромосомах, по повреждающему эффекту, по встречаемости, а также неизвестные) детально визуализировать интересующие вариации Вариации можно загружать в любом доступном формате (vcg, gvf, …) полученные в любом исследовании, будь то секвенирование, PCR диагностика или микрочиповый анализ. Каждая загруженная вариация сравнивается с объединенной базой данных, собранной из курируемых открытых мировых источников (UCSC, OMIM, GAD,…) , и сводная информация выдается единым блоком. Можно отбирать из загруженных вариаций разные списки, удовлетворяющие критериям поиска. Отчет можно распечатать как по списку вариаций, так и по каждой в отдельности.

WebProAnalyst — это инструмент анализа, предназначенный для сканирования количественных взаимосвязей структура-активность в семействах белков. Инструмент позволяет пользователям искать корреляции между активностью белка и физико-химическими характеристиками (т.е. гидрофобностью или альфа-спиральной амфипатичностью) в запрашиваемых последовательностях. WebProAnalyst использует выровненные аминокислотные последовательности и данные об активности белков (pK, Km , ED50 и другие ). Программа позволяет предсказывать мутации для целенаправленного изменения величины активности белков или других их свойств на основе количественного анализа взаимосвязи структура-активность в белковых семействах. Автор программы Иванисенко Владимир Александрович

Программа предназначена для функциональной аннотации белковых молекул, реконструкции сетей белок-белковых и белок-лиганд взаимодействий. Программа позволяет распознавать функциональные сайты в пространственных структурах белков, включая: сайты каталитических центров ферментов, сайты посттрансляционных модификаций белков, сайты связывания ионов металлов, сайты связывания органических и неорганических лигандов, сайты связывания ДНК и РНК, а также восстанавливать пространственные структуры комплексов лигандов с активными сайтами белков. Программа обеспечивает выявление функционально важных свойств структуры белков, необходимых для решения задач идентификации функции белков, поиска мишеней для лекарственных препаратов и целенаправленного конструирования белков с улучшенными медико-биологическими свойствами, а также поиск и конструирование низкомолекулярных лигандов, способных связываться с активными центрами белков. Автор программы: Иванисенко Владимир Александрович