Биореактивы

RAPID DiI (также известный как FAST DiI™) — карбоцианиновый краситель, флуоресцирующий в оранжево-красной части спектра, ненасыщенный аналог DiI (DiIC18(3)). RAPID DiI — липофильный краситель, который маркирует клеточные мембраны за счет встраивания двух длинных углеводородных цепей (углерод C18) в липидный бислой. Краситель слабо флуоресцирует до включения в мембраны. RAPID DiI диффундирует латерально в плазматической мембране, постепенно окрашивая всю клетку, что позволяет использовать его в качестве антероградного и ретроградного трейсера нейронов. В интактной ткани краситель не переходит из меченых клеток в немеченые, однако такой перенос может происходить при разрушении мембран клеток, например, после секционирования образца. RAPID DiI мигрирует в мембранах примерно на 50% быстрее, чем DiI. RAPID DiI можно использовать совместно с другими трейсерами в двухцветных окрашиваниях, например, с DiA и DiO. RAPID DiI представлен в виде кристаллов, которые можно наносить непосредственно на мембраны.

Производные полиэтиленгликоля с небольшим количеством звеньев (в данном случае 3 мономерных звена) являются отличными линкерами для конъюгации биомолекул, позволяя проводить реакцию в водных условиях и повышая гидрофильность полученного в результате конъюгации соединения. Терминальные алкины легко вступают в клик-реакции с различными азидами в присутствии солей меди (I), а производные малеимида реагируют с тиолами. Это особенно актуально в случае белков и пептидов, которые содержат свободные -SH группы. Алкин-ПЭГ3-малеимид представляет собой кросс-линкер с довольно широкими возможностями использования в химии, биологии и смежных областях.

BDP R6G — бордипиррометеновый краситель с длинами волн поглощения и эмиссии, соответствующими красителю родамину 6G (R6G). BDP R6G — яркий и фотостабильный флуорофор. Тетразиновый фрагмент позволяет вовлекать этот реагент в реакцию Дильса-Альдера с обращенными электронными требованиями с напряженными олефинами — транс-циклооктенами, азетинами, и другими напряженными олефинами. Эта реакция не требует использования катализаторов и протекает быстро, в том числе в водной среде.

DAF-FM диацетат (DAF-FM DA) — проникающий в клетки флуоресцентный индикатор для детекции и количественного определения низких концентраций оксида азота (NO). DAF-FM DA пассивно диффундирует через клеточные мембраны. Попав внутрь клеток, он деацетилируется внутриклеточными эстеразами и превращается в непроникающую сквозь мембраны форму — DAF-FM. Квантовый выход флуоресценции DAF-FM составляет ~ 0,005, однако он увеличивается примерно в 160 раз до ~ 0,81 после реакции с NO с образованием флуоресцентного бензотриазола (максимумы возбуждения / испускания 495/515 нм). DAF-FM более чувствителен для обнаружения NO (предел обнаружения ~3 нМ), чем DAF-2 (~5 нМ). Флуоресценция NO-аддукта DAF-FM не зависит от pH выше pH 5,5. Также NO-аддукт DAF-FM обладает большей фотостабильностью по сравнению с DAF-2 и обеспечивает более надежные результаты и дополнительное время для визуализации. Перед приготовлением рабочего раствора DAF-FM DA следует предварительно растворить в ДМСО. Буферы, содержащие бычий сывороточный альбумин (БСА) или феноловый красный, могут влиять на флуоресценцию, поэтому их следует использовать с осторожностью.

G-квадруплексы (G4s) представляют собой вторичные структуры, образующиеся в ДНК и РНК за счет неканонических водородных связей между четырьмя гуаниновыми основаниями [1,2]. В ядре ДНК G4s связаны с эпигенетической регуляцией экспрессии генов посредством их взаимодействия с регуляторными белками, такими как транскрипционные факторы и модификаторы хроматина [3,4]. РНК G4s связаны со сплайсингом, транспортом и регуляцией трансляции РНК, а также с РНК-опосредованными стрессовыми реакциями в цитоплазме клетки [5-7]. TOR-G4 — производное тиазолового оранжевого, недавно синтезированный флуоресцентный индикатор G4s [8]. TOR-G4 является низкомолекулярной альтернативой иммунохимии со специфичными к G4 антителами. TOR-G4 позволяет визуализировать G4s на основе изменений продолжительности флуоресценции индикатора при связывании им нуклеиновой кислоты. Продолжительность флуоресценции TOR-G4 самая высокая в присутствии G4s и значительно ниже с другими последовательностями. Внутри клеток TOR-G4 преимущественно колокализуется с РНК в цитоплазме и ядрышках, что делает его первым прижизненным зондом, валидированным для изучения роли РНК G4s в функционировании клеток. TOR-G4 подходит для визуализации РНК G4s с помощью FLIM [8].

Краситель QuDye для определения количества белка предназначен для определения концентрации белка на флуориметре в диапазоне исходной концентрации белка 12,5–5000 мкг/мл. Краситель может быть использован для определения концентрации белка как на планшетном ридере, так и кюветном флуориметре, при этом диапазон измерения может быть шире и зависит от характеристик используемого прибора. Краситель селективно связывается с мицеллами SDS-белок, поэтому нуклеотиды, ДНК, РНК, аминокислоты, соли, восстанавливающие агенты (2-меркаптоэтанол, ДТТ) и другие примеси (кроме детергентов), присутствующие в пробе, не оказывают влияния на результаты измерений. Краситель QuDye для определения количества белка достаточно универсален и позволяет измерять концентрацию различных белков с высокой чувствительностью. Данный продукт входит в состав готового Набора для определения количества белка на флуориметре, а также востребован как OEM-компонент для наборов других производителей.

5X Quick ligation buffer предназначен для быстрого лигирования (5–15 минут при комнатной температуре). Буферы оптимизированы для использования с Quick-TA и T4 ДНК лигазами. В состав обоих буферов входят АТФ и ДТТ, которые плохо сохраняются в водных растворах, поэтому буфер не следует оставлять при комнатной температуре после окончания работы.

BDP TR - бордипиррометеновый краситель (BODIPY®) для канала ROX. Это соединение содержит гидразидную группу для конъюгации с альдегидами и кетонами.

Транс-циклооктен (ТЦО, TCO) амидит применяется для введения фрагмента ТСО в субстраты, содержащие первичную или вторичную гидроксильные группы, в особенноcти используется для получения ТСО-модифицированных олигонуклеотидов. Транс-циклооктен легко реагирует с тетразинами по реакции Дильса-Альдера (inverse electron-demand Diels-Alder cycloaddition, IEDDA). Тетразин-транс-циклооктеновое лигирование обладает сверхбыстрой кинетикой, селективностью и длительной устойчивостью в водных средах, что важно для применений с участием низкоконцентрированных систем, например таких как белок-белковые конъюгаты и т. д.

sulfo-Cyanine5.5 является водорастворимым цианиновым красителем для приложений, где используется флуоресценция в дальней красной или ближней инфракрасной области спектра, в частности для имиджинга in vivo. В составе красителя четыре сульфогруппы, что обеспечивает ему гидрофильность и водорастворимость. Как и у других цианинов, у sulfo-Cyanine5.5 очень высокий коэффициент экстинкции. sulfo-Cyanine5.5 - яркая флуоресцентная метка для дальней красной области спектра. Данный продукт является красителем с аминогруппой, аналогом Сy5.5. Аминогруппа отделена от ядра флуорофора длинным линкером, который облегчает конъюгацию. Алифатическая первичная аминогруппа вступает в реакции сочетания с различными электрофилами (активированными эфирами, эпоксидами и др.). Краситель также может использоваться в мечении посредством трансаминирования, катализируемого ферментами.

Аннексин V (или Аннексин A5) принадлежит семейству аннексинов, внутриклеточных белков, связывающих фосфолипиды. Аннексин V обычно используется в проточной цитометрии и флуоресцентной микроскопии для определения апоптотических клеток, благодаря его способности специфически связываться с фосфатидилсерином (ФС) кальций-зависимым образом. Метод был впервые описан Koopman с соавт. (1994) [1]. В здоровых клетках ФС содержится только с внутренней стороны плазматической мембраны. Во время апоптоза мембранная асимметрия исчезает, ФС перемещается на наружную сторону мембраны и становится доступным для связывания флуоресцентно меченным Аннексином V. В сочетании с другими прижизненными красителями, такими как йодистый пропидий (PI), метод позволяет различать популяции здоровых (Annexin−PI−), апоптотических (Annexin+PI−) и некротических (Annexin+PI+) клеток [2]. Готовый набор содержит все необходимые реагенты для мечения апоптотических клеток с помощью Аннексина V, конъюгированного с AF 488, и PI. AF 488 — сульфированный родамин, яркий, фотостабильный и гидрофильный флуорофор. Краситель излучает в зеленом канале. Спектральные характеристики красителя сходны с FITC. Максимум поглощения — 495 нм. Максимум эмиссии — 519 нм. PI — непроницаемый сквозь плазматическую мембрану ДНК-краситель, позволяющий различать популяции некротических, апоптотических и здоровых клеток на основе целостности мембраны. После связывания с ДНК краситель излучает в оранжево-красном канале. Максимум поглощения — 535 нм. Максимум эмиссии — 617 нм.

YO-TAP-3 (мономер Оксазолового Красного, также известный как YO-PRO®-3) — мономерный краситель на основе карбоцианина с флуоресценцией в красной области спектра. YO-TAP-3 — непроникающий в живые клетки ядерный краситель, который не флуоресцирует в отсутствие нуклеиновых кислот. Краситель значительно усиливает свою флуоресценцию при связывании с ДНК. YO-TAP-3 идеален для окрашивания нуклеиновых кислот на микрочипах, а также для контрастного окрашивания ядер и хромосом в экспериментах с многоцветным флуоресцентным мечением благодаря яркому сигналу и низкой фоновой флуоресценции. Одновременное мечение с помощью YO-TAP-3 (непроникающим в клетки) и LUCS 13 (проникающим в клетки прижизненным ядерным маркером) или аннексином V-AF488 можно использовать для оценки жизнеспособности клеток и апоптоза.