Биореактивы

Протеиназа К — неспецифическая протеаза семейства сериновых протеаз, расщепляющая пептидные связи, прилегающие к карбоксильной группе ароматических и алифатических аминокислот. Протеиназа К используется для расщепления белков в биологических образцах, удаления эндогенных нуклеаз при очистке ДНК и РНК, демаскирования антигенов в иммунохимии, а также при подготовке тканей для гибридизации in situ. Протеиназа К активна в широком диапазоне pH (от 6,5 до 9,5), при повышенных температурах, в присутствии хелатирующих агентов металлов и SDS. Рабочая концентрация протеиназы К обычно составляет 50–100 мкг/мл.

LumiMount Plus — готовая к использованию среда на водной основе для заключения и визуализации флуоресцентно меченных образцов клеток или тканей. LumiMount Plus имеет вязкую консистенцию, благодаря чему среда легко наносится и равномерно распределяется по препарату, а также меньше склонна к образованию пузырей. Благодаря своему особому составу, LumiMount Plus ингибирует быстрое фотовыгорание флуоресцентных белков и красителей, что продлевает возможное время визуализации. Коэффициент преломления жидкой заливочной среды составляет 1.43, но данный показатель увеличивается до 1.52 после испарения воды и затвердевания среды. LumiMount Plus обеспечивает полупостоянную герметизацию препаратов, достаточную для их длительного хранения при температуре от 2° до 8°C. Поскольку LumiMount Plus растворяется в воде, покровное стекло можно снять, погрузив препарат в раствор PBS до тех пор, пока покровное стекло не отделится. LumiMount Plus несовместим с интеркалирующими красителями типа Hoechst, DAPI и др.

LumiTracker Mito Red FM — катионный красный флуоресцентный краситель, окрашивающий митохондрии в живых клетках. Краситель пассивно диффундирует через плазматическую мембрану и избирательно накапливается в активных митохондриях в зависимости от мембранного потенциала в них, поэтому часто используется для оценки состояния клеток, а также как краситель для локализации митохондрий. Флуоресценция LumiTracker Mito Red FM исчезает после фиксации альдегидами, поэтому данный краситель подходит только для работы с живыми клетками.

Во время ферроптоза и митохондриальной стадии апоптоза специфический для митохондрий фосфолипид, кардиолипин, подвергается перекисному окислению. MitoCLox является флуоресцентным зондом, позволяющим отслеживать этот процесс в митохондриях in vivo. MitoCLox состоит из флуорофора BDP 581/591, несущего диенсодержащий мотив (C11), связанного с остатком трифенилфосфония (TPP) через длинный гибкий линкер с двумя амидными связями. MitoCLox похож по структуре на MitoPerOx, но в отличие от него имеет более длинный линкер и содержит две (а не одну, как в MitoPerOx) пептидные связи. Гибкий линкер MitoCLox имитирует пептид SS-20 (Phe-D-Arg-Phe-Lys-NH2), что делает данный индикатор специфичным для кардиолипина. Линкер также увеличивает клеточную проницаемость MitoCLox благодаря дополнительным положительным зарядам на нем. Окисление диена в MitoCLox приводит к значительному увеличению флуоресценции BDP 581/591 при 520 нм и снижению его исходной флуоресценции при 590 нм. Таким образом, окисление MitoCLox может быть измерено либо как снижение поглощения при 588 нм, либо как увеличение эмиссии флуоресценции в ратиометрическом режиме при 520/590 нм [1]. MitoCLox накапливается в митохондриях живых клеток. Максимальное его содержание в клетках достигается через 45-60 мин после добавления индикатора в среду. После удаления MitoCLox из среды флуоресценция клеток медленно снижается и достигает 50% от максимума примерно через 1 ч. Рекомендуемая рабочая концентрация MitoCLox составляет 100-200 нМ [2].

AF 594 — водорастворимый красный флуоресцентный краситель с высоким квантовым выходом флуоресценции и высокой фотостабильностью. Краситель не чувствителен к изменению рН в диапазоне от 4 до 10. По спектральным характеристикам AF 594 близок к техасскому красному (макс. поглощение при 586 нм, макс. испускания при 613 нм). AF 594 азид — флуоресцентно меченый азид, реагирующий с алкинильными производными биомолекул (терминальными алкинами и циклооктинами) посредством клик-реакций с образованием стабильных аддуктов. AF 594 азид обычно используется для присоединения красителя к биомолекулам, окрашивания клеток для проточной цитометрии и флуоресцентной микроскопии, а также других приложений.

Линкеры на основе полиэтиленгликоля идеально подходят для конъюгации различных чувствительных биомолекул, таких как белки. Такие линкеры обладают гидрофильностью и обеспечивают пространственное разделение субъединиц конъюгата. Линкер на основе ПЭГ4 имеет длину 14Å (1.4 нм). Гетеробифункциональные линкеры, несущие различные функциональные группы, позволяют селективно получать конъюгаты двух различных молекул путем последовательных реакций конъюгации. Малеимидная функциональная группа особенно полезна для синтеза конъюгатов белков. Малеимид селективно реагирует с тиолами. Как правило, в белках небольшое число остатков цистеина, что позволяет проводить эту реакцию сайт-специфически. После этого алкиновая группа линкера может быть конъюгирована с азидами в реакции CuAAC (медь-катализируемая реакция алкин-азидного циклоприсоединения).

DiO, также называемый DiOC18(3), представляет собой зеленый флуоресцентный липофильный карбоцианиновый краситель. Максимум возбуждения DiO составляет 487 нм, а максимум эмиссии — 501 нм. DiO широко используется в качестве антероградного и ретроградного нейротрейсера в живых и фиксированных тканях и клетках. DiO равномерно метит нейроны посредством диффузии в плазматической мембране. В интактной ткани краситель не переходит из меченых клеток в немеченые, однако, такой перенос может наблюдаться при повреждения мембран, например, после секционирования ткани. DiO и DiI часто используются вместе в двухцветных исследованиях. При этом DiO имеет более медленную скорость боковой диффузии в мембранах, чем DiI.

Амидит для синтеза олигонуклеотидов, содержащих 5'-терминальную алкиновую модификацию. Данные олигонуклеотиды могут быть конъюгированы с различными азидами по реакции Click Chemistry с использованием нашего рекомендованного протокола. Этот амидит имеет ряд преимуществ перед фосфорамидитами на основе гексинола и бутинола. Во-первых, он твердый, что облегчает его фасовку и взвешивание. Во-вторых, благодаря особенностям его структуры, он лучше хранится и имеет большую стабильность в растворе. Для использования в олигонуклеотидном синтезаторе этот амидит следует растворять в ацетонитриле. Время конденсации рекомендуется увеличить до 5 минут. Поскольку амидит не имеет 5'-концевой диметокситритильной группы, снятие защиты после последнего шага синтеза следует опустить. Олигонуклеотиды можно деблокировать в стандартных условиях, очищать методом электрофореза в ПААГ или ионообменной хроматографией.

Активированный эфир гексиновой кислоты для модификации биомолекул. Терминальные алкинильные (ацетиленовые) группы, вступающие в реакцию медь(I)-катализируемого диполярного циклоприсоединения с азидами, практически не встречаются в природных молекулах. Этот активированный эфир позволяет присоединять алкинильные фрагменты к аминогруппам, повсеместно встречающимся в природе в составе белков, пептидов, многочисленных малых молекул, а также вводимые синтетически в амино-ДНК. Алкинильные группы могут быть затем вовлечены в клик-реакцию, катализируемую соединениями меди (I). Данный реагент - производное гексиновой кислоты.

Данный носитель предназначен для автоматизированного синтеза олигонуклеотидов с 3’-терминальной модификацией тушителем DusQ 2. Размер пор носителя 500 Å рекомендуется для синтеза олигонуклеотидов длиной до 50 оснований. DusQ 2 — тушитель флуоресценции с поглощением в диапазоне 560–670 нм. Подходит для эффективного тушения по механизму FRET флуорофоров с эмиссией в указанном диапазоне. Кроме этого, тушитель используется в гибридизационных зондах на основе статического и смешанного тушения, при этом эффективность тушения в незначительной степени зависит от перекрытия спектров флуорофора и тушителя, что обеспечивает эффективное тушение широкого спектра флуорофоров, в том числе с эмиссией в красном и дальнем красном диапазонах. Таким образом, список флуорофоров для использования с DusQ 2 включает, но не ограничивается Cyanine3, TAMRA, ROX, Cyanine3.5, Quasar® 570, Pulsar® 650, Cyanine5, Quasar® 670, Cyanine5.5, Quasar® 705.

BDP FL L-цистин представляет собой симметричный дисульфид для обратимого тиол-специфического мечения тиолированных олигонуклеотидов, белков и клеток. BDP FL L-цистин состоит из двух молекул BDP FL, соединенных между собой посредством дисульфидного мостика между двумя цистеиновыми остатками. В состоянии димерного дисульфида происходит тушение флуоресценции красителя. Дисульфидный мостик между молекулами BDP FL L-цистина очень стабилен и защищает спонтанное высвобождение тушения флуоресценции. Как и другие симметричные дисульфиды, BDP FL L-цистин вступает в реакции тиол-дисульфидного обмена. Восстановление дисульфидного мостика высвобождает мономерную молекулу красителя и приводит к возникновению флуоресценции в зеленой области спектра.

Cyanine3 - активированный эфир для двумерного электрофореза, аналог Cy3® minimal dye системы Ettan DIGE® для разностного гель-электрофореза белков в протеомике. Реагент поставляется в сухом виде в упаковках, содержащих специальным образом отмеренное количество красителя. Различие в количестве активированного эфира между фасовками составляет не более 10%. Перед использованием необходимо растворить краситель в диметилформамиде.