Программное обеспечение

Unipro UGENE предоставляет множество методов обработки генетических и белковых последовательностей. Это — анализ, аннотирование, сравнение, поиск, выравнивание, моделирование, комплексные вычисления. Разнообразная визуализация, навигация и масштабирование, поддержка множества генетических форматов данных , оптимизация алгоритмов, возможности редактирования и графического построения различных вычислительных схем существенно ускоряют работу. UGENE отлично работает на Windows, Mac OS, Linux и прост в установке и использовании. Обладает интерфейсом как на русском, так и на английском языке. Ниже представлены основные возможности продукта: Создание, редактирование и аннотирование нуклеотидных и белковых последовательностей. Быстрый поиск в последовательности Множественное выравнивание последовательностей: ClustalW, ClustalO, MUSCLE, Kalign, MAFFT, T-Coffee Поиск в онлайн базах данных: NCBI, PDB, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL, серверы DAS Онлайн и локальный BLAST поиск ПЦР in silico Поиск открытых рамок считывания Рестрикционный анализ со встроенной базой данных ферментов рестрикции REBASE Интегрированный пакет Primer3 для дизайна ПЦР праймеров Аннотирование плазмид Клонирование in silico Выравнивание на геном с помощью Bowtie, BWA или UGENE Genome Aligner Визуализация выравненных коротких прочтений с помощью UGENE Assembly Browser Поиск геномных вариаций с помощью SAMtools Обработка сырых данных NGS Анализ RNA-Seq данных с помощью TopHat и инструментов Cufflinks SPAdes de novo ассемблер Поиск гомологов с HMMER2 и HMMER3 Работа с хроматограммами Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов с использованием весовых матриц или алгоритма SITECON Поиск повторов в последовательности ДНК: прямых, обратных, тандемных Локальное выравнивание последовательности с использованием оптимизированной версии алгоритма Смита-Ватермана Построение филогенетических деревьев (с помощью IQ-TREE, PHYLIP Neighbor Joining, MrBayes или PhyML Maximum Likelyhood) и редактирование деревьев Комбинирование различных алгоритмов в вычислительную схему с помощью дизайнера вычислительных схем Сборки контигов (CAP3) Отображение 3D структуры белков для форматов PDB и MMDB formats, поддержка стереоэффекта Предсказание вторичной структуры белка с помощью алгоритмов GOR IV и PSIPRED Конструирование точечных графиков для ДНК последовательностей Выравнивание мРНК (Spidey) Поиск шаблона результатов различных алгоритмов в нуклеотидной последовательности с помощью дизайнера запросов.

Наш инструмент помогает: быстро получать исчерпывающую информацию по каждой вариации (гены, риски, болезни) выбирать интересующие вариации, с помощью программных фильтров (по болезням, по положению в генах/хромосомах, по повреждающему эффекту, по встречаемости, а также неизвестные) детально визуализировать интересующие вариации Вариации можно загружать в любом доступном формате (vcg, gvf, …) полученные в любом исследовании, будь то секвенирование, PCR диагностика или микрочиповый анализ. Каждая загруженная вариация сравнивается с объединенной базой данных, собранной из курируемых открытых мировых источников (UCSC, OMIM, GAD,…) , и сводная информация выдается единым блоком. Можно отбирать из загруженных вариаций разные списки, удовлетворяющие критериям поиска. Отчет можно распечатать как по списку вариаций, так и по каждой в отдельности.

Система моделирования тепловых и гидродинамических процессов литья, ориентированная на многопроцессорную платформу РС (x32, x64) с Windows XP, Windows Vista, Window 7, созданная в НПО МКМ (Ижевск). Он может использоваться практически для всех литейных процессов: литье в землю; литье в кокиль; литье под высоким давлением; литье под низким давлением; литье по выплавляемым моделям. Продукт LVMFlow предоставляет возможности для комплексной оптимизации литейных технологий еще до изготовления какой-либо формы. Применение LVMFlow позволяет: оптимизировать режимы заливки сплава и затвердевания отливки; оптимизировать литниковую систему. LVMFlow позволяет анализировать процессы литья при использовании различных материалов: углеродистые стали, легированные стали, чугуны (серые, белые, ковкие и высокопрочные), алюминиевые, титановые, бронзовые, магниевые сплавы, а также сплавы на никелевой и медной основе и др. Применение LVMFlow позволяет: заметно уменьшить затраты времени на проектирование и техническую подготовку изделий, повысить качество отливок и, как следствие, готовых изделий увеличить конкурентоспособность изделий, снизить общие затраты времени на производство изделий, понизить себестоимость отливок и готовых изделий, минимизировать отходы литейного производства, уменьшить материалоемкость, значительно уменьшить, а в некоторых случаях полностью исключить брак.

Пакет позволяет делать анализ текущего насыщения разрабатываемых пластов, выполнять расчет общего притока для высокодебитных и низкодебитных скважин, давать количественную оценку притока/ухода флюида по стволу в добывающих (нефтяных) и нагнетательных скважинах, определять состав притока, рассчитывать минерализацию жидкости и долю воды (обводненность) в добываемой продукции. Основные возможности: - Расчет профиля притока/ухода по данным скважинной расходометрии гидродинамической (РГД) Модуль позволяет по данным РГД рассчитать скорость потока флюида в стволе скважины, а затем рассчитать дебит/расход флюида для каждой зоны притока/ухода. Для этого пользователю достаточно указать кривые расходомера с соответствующими им кривыми скорости движения прибора и задать внутренний диаметр (диаметры) скважины в исследуемом интервале глубин. - Определение минерализации и состава добываемой продукции Расчет минерализации жидкости и обводненности добываемой продукции осуществляется по зарегистрированным значениям скважинных датчиков резистивиметра и влагомера. В заданном интервале глубин по палеткам рассчитывается кривая минерализации, при этом автоматически вводятся поправки на температуру в стволе скважины. - Определение дебита по кривым восстановления уровня (КВУ) Программа предназначена для оценки общего притока в низкодебитных скважинах. Расчеты производятся по данным замеров влагомером либо манометром, выполненных при восстановлении уровня жидкости в стволе скважины. - Расчет времени жизни тепловых нейтронов Модуль предназначен для расчета значений времени жизни тепловых нейтронов по серии непрерывных кривых с различными временами задержки. - Геофизический калькулятор Геофизический калькулятор - это хороший помощник для аналитика, когда требуется оперативно рассчитать параметры пласта, либо оценить влияние теплофизических процессов происходящих в скважине. С помощью калькулятора, например, могут быть рассчитаны коэффициента продуктивности пласта, рассчитаны коэффициент Джоуля-Томсона и адиабатический коэффициент для определенной жидкости или смеси, определен объем жидкости в стволе скважины, выполнена оценка нормального разогрева ЭЦН и др. - Снятие отсчетов по времени Модуль предназначен для снятия значений с кривых ГИС (барометрии, термометрии, влагометрии, резистивометрии и др.) на заданной глубине, визуализации этих данных, сохранения их в исходном WS-файле, генерации заключения, а также передачи данных барометрии в систему «Гидрозонд».

Мобильное приложение AtnHealth Mobile предназначено для получения функциональной оценки состояния организма человека по сердечному ритму. Результатом измерения является показатель уровня адаптации организма, получаемый путём математического анализа ритмограммы, передаваемой (Bluetooth) на смартфон c нагрудного датчика сердечного ритма. AtnHealth Mobile позволяет быстро, в простом и понятном виде получить информацию о резервах регуляторных систем организма. Лицам занятых в профессиях с повышенной ответственностью в условиях длительной работы человека-оператора при действии комплекса отрицательных факторов (психоэмоциональное напряжение, гиподинамия, утомление зрительного или слухового анализаторов) AtnHealth Mobile поможет сохранить концентрацию и способность к действию. Для практической работы спортивного врача, тренера и самого спортсмена AtnHealth Mobile поможет выявить изменения в функциональном состоянии и физической подготовленности.

Программа предоставляет программный интерфейс для работы с ней. Выполняет вычисление авторских коэффициентов с использованием специальных математических и статистических преобразований. Поддерживает работу (анализ данных, в том числе ритмограмм, полученных в результате обработки электрокардиограмм) в режиме реального времени. «AtnHealth» - высокотехнологичная система оценки функционального состояния организма on-line на основе показателей вариабельности сердечного ритма (ВСР) с использованием ЭКГ-сигнала. ВСР отражает систему управления деятельностью сердечно-сосудистой системы, учитывающую вклад в поддержание гомеостаза (саморегуляции) парасимпатического и симпатического отделов автономной нервной системы, а также гуморальной регуляции. «AtnHealth» дает оценку адаптации/компенсации систем регуляции физиологических функций по параметрам информационно-статистического анализа кардиоинтервалограммы, основанного на анализе информационной энтропии бета-распределения.

Сервис "Chest-IRA" нацелен на одновременный поиск 11 патологий: 1) легочные узлы 2) нарушения воздушности легочной ткани 3) эмфизема легких 4) свободная жидкость (выпот) в плевральных полостях 5) определение диаметра аорты 6) определение диаметра легочного ствола 7) ишемическая болезнь сердца (коронарный кальций) 8) ишемическая болезнь сердца (паракардиальный жир) 9) образования надпочечников 10) переломы рёбер 11) компрессионные переломы и снижение минеральной плотности тел позвонков Функциональность модуля включает: - Поиск и визуализацию целевых патологий; - Проведение измерений, подсчет трудоемких индексов и классификацию; - Формирование описания исследования; Сервис в автоматическом режиме: - Определяет и визуализирует 11 целевых патологий - Производит измерения, подсчет трудоемких индексов и классификацию - Формирует предварительный отчет по исследованию Сервис имеет интуитивный интерфейс: - Удобный доступ к находкам - Маркировку с интуитивной цветовой схемой кодировки критичности находки - Слайдер для быстрой навигации по серии

Функциональность модуля включает: - Определение и визуализация патологий - Подсчет трудоемких индексов и классификация - Формирование описания исследования Сервис "Abdomen-IRA" нацелен на одноверменный поиск 6 патологий: 1) Образования печени 2) Образования почек 3) Инциденталомы надпочечников 4) Наличие конкрементов в мочевыделительной системе 5) Расширение аорты 6) Деформация позвонков Сервис в автоматическом режиме: - Определяет и визуализирует 6 целевых патологий - Производит измерения и классификацию - Формирует предвартельный отчет по исследованию Сервис имеет интуитивный интерфейс: - Удобный доступ к находкам - Маркировку с интуитивной цветовой схемой кодировки критичности находки - Слайдер для быстрой навигации по серии. Таким образом, использование сервиса снижает нагрузку на врача-рентгенолога и способствует повышению качества диагностики.

Система объединяет все технические и эксплуатационные данные по электрическим сетям, обеспечивая доступность, непротиворечивость и полноту информации. Потенциальные пользователи системы IndorPower — это магистральные и региональные электросетевые компании, городские и районные электрические сети, промышленные предприятия, сети освещения, контактные сети, месторождения, карьеры, шахты, проектные организации. Также система IndorPower позволяет моделировать режимы электрических систем и сетей. Данный компонент необходим для службы режимов, диспетчерской службы, службы РЗиА. Выполняются расчёты как для разомкнутых схем, так и для сложнозамкнутых. основные решаемые задачи: Резервирование электроснабжения. Оценка запаса пропускной способности электрических сетей. Разработка мероприятий по увеличению пропускной способности электрических сетей посредством имитации размещения БСК и УШР, а также строительства дополнительных линий электропередачи и подстанций. Режимная оценка вариантов подключения к сети новых потребителей энергии. Поиск точек оптимального токораздела. Система IndorPower может использовать как реальные данные по объектам из текущей базы технических параметров, так и искусственно изменённые (например, для моделирования новых подключений, оценки вариантов замены оборудования, провода). Это обеспечивает возможность «деловой игры» при оценке технических решений по подключению новых абонентов, планировании технического перевооружения, замены оборудования. Для планирования ремонтов, замен и прочего предусмотрено имитационное переключение коммутаторов. Расчётная подистема IndorPower отличается высокой скоростью работы, возможностью расчёта сетей большой размерности (десятки тысяч узлов), стабильностью работы и автоматическим контролем физической реализуемости режима на итерациях для удержания решения в области реальной физической интерпретации.

Система подготовки топографических планов IndorCAD Topo предназначена для подготовки топопланов различных масштабов, а также для подготовки цифровых моделей местности для последующей работы с ними в других продуктах линейки IndorCAD. Ключевые функции: - Различные исходные данные - Использование облаков точек - Использование Интернет-источников - Моделирование поверхностей - Моделирование инженерных изысканий - Моделирование инженерных коммуникаций - Моделирование геологии - Подсчёт объёмов - Оформление и экспорт топографических планов

По основным форматам используемых данных IndorMap совместима с ведущими ГИС в мире, в т.ч. с ArcGIS и MapInfo. IndorMap поддерживает большое количество векторных и растровых форматов пространственных данных. Система отличается высокой скоростью работы и широким набором инструментов редактирования и анализа данных. Система IndorMap может комплектоваться большим набором различных надстроек, а также предусматривает создание пользовательских модулей расширения. В линейке выпускаемых компанией «ИндорСофт» программных продуктов геоинформационная система IndorMap выступает в качестве интегратора разнообразной пространственной и атрибутивной информации об объектах местности. Система IndorMap в рамках единого геоинформационного проекта предоставляет доступ к базе данных по объектам на карте, а также позволяет совмещать обычную картографическую информацию с проектамиIndorCAD, и чертежами IndorDraw. Ключевые функции системы: Обработка данных инженерно-геодезических изысканий; Векторизация растровых картографических материалов; Построение и анализ карт и схем; Ввод, хранение и выборка дополнительной атрибутивной информации по объектам на карте; Оформление и распечатка топографических карт и схем.

Система IndorDraw поддерживает большой набор графических примитивов для черчения, а также позволяет включать в чертежи разнообразные растровые и векторные материалы (растровые подложки, DXF-чертежи, OLE-объекты и пр.). Любые чертежи, сформированные в программных продуктах компании «ИндорСофт» (IndorCAD, IndorRoad, IndorPavement или IndorRoadSign), можно доработать и оформить в IndorDraw. Оформление чертежей по нормам с помощью большой библиотеки условных знаков. Печать чертежей с возможностью предварительной вёрстки. При необходимости в чертёж можно добавить размерные линии и выноски, текстовую информацию, данные в табличном виде. Готовый чертёж может быть экспортирован в другой формат данных, например в широко используемый формат Autodesk DWG/DXF.