Биореактивы

DusQ 1 фосфорамидит содержит нефлуоресцирующий тушитель с широким спектром поглощения, который перекрывает спектры флуоресценции в жёлтой и зелёной части спектра. Этот продукт используется для синтеза дважды меченых зондов для количественной ПЦР с тушителем DusQ 1 на 5’-конце и в других областях применения тушения по механизму FRET для мультиплексного анализа. Данный фосфорамидит имеет DMT-защиту гидроксиметильной группы, и может использоваться для очистки на картридже. Для DusQ 1 характерно поглощение в диапазоне 480 - 580 нм, что можно использовать для создания зондов для количественной ПЦР в сочетании с распространенными репортерами, такими как FAM, TET, JOE, HEX, Cyanine3 с целью формирования комплексов с высокой эффективностью тушения.

Данный носитель предназначен для автоматизированного синтеза олигонуклеотидов с 3’-терминальной модификацией тушителем DusQ 2. Размер пор носителя 500 Å рекомендуется для синтеза олигонуклеотидов длиной до 50 оснований. DusQ 2 — тушитель флуоресценции с поглощением в диапазоне 560–670 нм. Подходит для эффективного тушения по механизму FRET флуорофоров с эмиссией в указанном диапазоне. Кроме этого, тушитель используется в гибридизационных зондах на основе статического и смешанного тушения, при этом эффективность тушения в незначительной степени зависит от перекрытия спектров флуорофора и тушителя, что обеспечивает эффективное тушение широкого спектра флуорофоров, в том числе с эмиссией в красном и дальнем красном диапазонах. Таким образом, список флуорофоров для использования с DusQ 2 включает, но не ограничивается Cyanine3, TAMRA, ROX, Cyanine3.5, Quasar® 570, Pulsar® 650, Cyanine5, Quasar® 670, Cyanine5.5, Quasar® 705.

dU амидит позволяет вводить дезоксиуридин в последовательность ДНК для синтеза модифицированных олигонуклеотидов. Дезоксиуридин (dU) представляет собой производное нуклеозида уридина с тем отличием, вместо гидроксильной группы в положении 2′ рибозы находится атом H. Данный фосфорамидит содержит DMT-защитную группу на 5’-конце. Модификация олигонуклеотидов с помощью dU посредством введения 2’-дезоксиуридина в последовательност влияет на температуру плавления олигодуплексов. dU (Дезоксиуридин) фосфорамидит может служить для синтеза олигонуклеотидных зондов, исследования стабильности дуплексов, а также исследований повреждений и механизмов репарации ДНК.

Бифункциональный реагент, содержащий алкиновую и гидразидную группу. Позволяет присоединять терминальную алкинильную группу путем модификации карбонильной группы альдегидов и кетонов. Карбонильные группы встречаются в белках, подвергавшихся окислительному стрессу. Многие малые молекулы, встречающиеся в природе, также являются карбонильными соединениями. Большинство сахаридов, а также РНК, содержат 1,2-диольные фрагменты, которые можно окислить периодатом до альдегидов, вступающих в реакцию с гидразидами.

TBTA (трис(бензилтриазолилметил)амин) представляет собой третичный амин с тремя 1,2,3-триазольными группами. Это один из наиболее широко используемых водонерастворимых лигандов для реакций катализируемого медью азид-алкинового циклоприсоединения (CuAAC). TBTA образует комплексы с медью (I) и способствует катализу клик-реакции за счет стабилизации степени окисления меди (I).

Алкин-ПЭГ3-карбоновая кислота - бифункциональный реагент на основе триэтиленгликоля, содержащий карбоксигруппу и алкиновый фрагмент. Карбоксильную группу можно активировать с помощью реагентов для пептидного синтеза, таких как PyBOP, или карбодиимидов (EDC, DCC), и модифицировать ей амины с образованием стабильной амидной связи. Терминальную алкиновую группу можно конъюгировать с азидами в присутствии катализатора на основе соединений меди (I) с образованием триазолов. Полиэтиленгликоли - гидрофильные линкеры, идеально подходящие для синтеза водорастворимых конъюгатов.

Алкинильное производное флуоресцентного красителя Cyanine5, аналога Cy5®. С помощью этого продукта можно конъюгировать флуорофор Cyanine5, обладающий большим коэффициентом экстинкции и высокой фотостабильностью, с различными азидами. Данный алкин имеет ограниченную растворимость в воде, что не мешает его конъюгации в водно-органических растворах, содержащих 10-15% органической фазы (DMF или DMSO). Мы рекомендуем пользоваться нашим протоколом для конъюгации. Этот алкин вступает в реакции с различными азидами, в том числе с азидированными биомолекулами, полимерами и поверхностями.

Гексахлорфлуоресцеин (HEX) — флуорофор, производное флуоресцеина, содержащее в своей структуре 6 атомов хлора в качестве заместителей. Олигонуклеотиды с HEX меткой используются в ПЦР, а канал HEX является одним из основных при проведении мультиплексной ПЦР в режиме реального времени. Коньюгированные с HEX олигонуклеотиды легко могут быть получены по реакции азид-алкинового циклоприсоединения между HEX азидом и олигонуклеотидами, содержащими алкиновый фрагмент. HEX является аналогом таких красителей, как JOE, BODIPY™ 530/550, VIC™ по спектральным характеристикам с поглощением при 533 нм и эмиссией при 549 нм в желто-зеленой области спектра.

Азидопроизводное красителя AMCA для конъюгации с терминальными алкинами посредством медь-катализируемой клик-реакции или с напряженными алкинами посредством безмедной клик-реакции. AMCA (ацетат аминометилкумарина) — один из самых ярких синих флуоресцентных красителей. Этот флуорофор имеет относительно большой стоксов сдвиг, высокую устойчивость к фотовыгоранию и рН-независимую флуоресценцию в диапазоне рН от 4 до 10. АМСА широко используется для многоцветного мечения из-за минимального перекрытия его флуоресценции с зелеными и более длинноволновыми флуоресцентными красителями.

В последние годы Cyanine5 (аналог Cy5®) приобрел весьма широкую популярность в качестве флуоресцентной метки как в исследованиях в области биологических наук, так и в диагностических применениях. Максимум флуоресценции этого флуорофора приходится на красную область спектра, где многие CCD-детекторы имеют максимальную чувствительность, а фон от биологических объектов низок. Цвет красителя очень насыщенный: даже весьма малые его количества (1 наномоль) можно увидеть в гель-электрофорезе невооруженным глазом. Активированное N-гидроксисукцинимидное (NHS) производное этого красителя (Cy5® NHS эфир) применяется для мечения аминогрупп в пептидах, белках, амино-модифицированных олигонуклеотидах. Для проведения реакции требуется небольшое количество органического растворителя (ДМФА или ДМСО - подробности см. в рекомендованном нами для этого реагента протоколе). Данный реагент идеален для мечения водорастворимых белков, пептидов и олигонуклеотидов. Он также хорошо работает в органических растворителях для мечения малых молекул. Для легко денатурируемых белков и в других молекул, плохо совместимых органическими сорастворителями, рекомендуется использовать водорастворимый активированный эфир sulfo-Cyanine5, не требующий использования органического растворителя и имеющий практически идентичные флуоресцентные свойства. Флуорофор Cyanine5 совместим с различными аналитическими приборами, включая большинство флуоресцентных микроскопов, имэджеров, сканеров флуоресценции. Существует ряд аналогов Сyanine5. Активированный эфир Cyanine5 успешно заменяет активированные эфиры Cy5® и DyLight 649.

DusQ 3 азид является высоко реакционноспособным производным для конъюгации с алкин-содержащими молекулами в реакции медь-катализируемого алкин-азидного циклоприсоединения (CuААЦ). Применим для приготовления FRET зондов, подходящих для визуализации и методов детектирования in vivo. DusQ 3 наиболее эффективно поглощает в диапазоне 620-730 нм и лучше всего сочетается в качестве гасителя с флуорофорами родаминового ряда или цианиновыми красного и дальнего красного спектра, например, Cyanine 5, Cyanine 5.5, AF 647.

Водорастворимое алкиновое производное красителя sulfo-Cyanine3 для медь-катилизируемой реакции [3+2]-диполярного циклоприсоединения. Аналог Cy3®. sulfo-Cyanine3 - флуорофор, совместимый с различными сканерами флуоресценции, имэджерами, микроскопами. Это яркий и фотостабильный краситель. Он хорошо видим в гелях невооруженным глазом в количествах менее 1 нмоль.