Поиск

Проект представляет из себя обучающее программное обеспечение по химии. Это программное обеспечение является качественным и удобным демонстрационным материалом на уроках химии, содержит огромное количество превращений, которые можно будет показать ученикам, экспериментировать самим и/или выводить на школьный проектор для наглядных демонстраций предмета. Также программа позволяет наглядно изучать предмет с помощью интерактивных уроков и закреплять пройденный материал на специальных заданиях, некоторые из которых посвящены подготовке к ЕГЭ. В виртуальной лаборатории добавлено более 300 химических веществ и около 700 химический реакций, а также десятки объектов, с которыми можно взаимодействовать. Графика и эффекты в экспериментах максимально приближены к реальности и еще в программу заложено простое и интуитивно понятное управление.

Модуль позволяет создать специализированный объект для инвентаризации источников выбросов парниковых газов, сформировать и выпустить бланк инвентаризации источников выбросов и паспорт инвентаризации парниковых газов предприятия.

ЭРА – Отходы позволяет: провести инвентаризацию образующихся, использованных, обезвреженных, переданных или полученных отходов на предприятии (перечень и количество); провести автоматический расчет объемов образования отходов по различным методикам; провести инвентаризацию объектов (с их характеристиками) временного и постоянного размещения отходов предприятия и расчет предельного накопления; разработать схему операционных движений отходов; сформировать мероприятия по снижению влияния отходов на окружающую среду; выпустить комплект документации проекта нормативов образования отходов и лимитов на их размещение (ПНООЛР) для объектов 1 и 2 категории; провести паспортизацию отходов. ЭРА – Отходы включает: Федеральный классификационный каталог отходов (ФККО) с указанием 11-ти значных кодов соответствующих видов отходов (Приказ Росприроднадзора от 22.05.2017 N 242 (ред. от 02.11.2018) "Об утверждении Федерального классификационного каталога отходов"); базу данных более 10000 компонентов, для занесения в состав отходов; общероссийский классификатор видов экономической деятельности (ОКВЭД); общероссийский классификатор единиц измерения (ОКЕИ); общероссийский классификатор продукции (ОКП); нормативные базы загрязняющих веществ по различным средам (воздух, вода, почва) для составления плана мониторинга; большое количество других справочников (более 30 шт.), в том числе: свойства отхода; характеристики мест временного хранения и окончательного размещения отходов; очистные сооружения и другие.

Разреженные системы уравнений – это системы с матрицами коэффициентов, у которых число ненулевых элементов много меньше размера матрицы, а именно, число ненулевых элементов в строке значительно меньше числа столбцов в матрице. В зависимости от размера доступной памяти, размерности матриц решаемых систем могут достигать несколько миллионов, с несколькими сотнями миллионов ненулевых элементов. Такой объем данных возникает в задачах связанных с численным моделированием физических процессов (теплоперенос, акустические, упругие и электромагнитные волновые процессы), математическим моделированием в различных сферах (экономика, логистика, медицина), при проведении инженерных расчетов в системах CAD/CAE. ПК USPARS может использоваться как независимая вычислительная программа или как вычислительное ядро в прикладных ИТ-системах. Реализация ПК USPARS использует весь набор вычислительных приемов, доказавших свою эффективность для решения СЛАУ с разреженными матрицами коэффициентов – это перестановки разных видов (matching, pivoting, и др.), балансировка коэффициентов, итерационное уточнение, глобальные перестановки. Разработан ряд собственных оригинальных компонент. Так, например, для отыскания перестановок матриц с целью снижения заполненности треугольных факторов разработана компонента Atlant, где используется комбинированный алгоритм на основе многоуровневого метода вложенных сечений и эффективного авторского метода переупорядочивания подграфов малого размера. Использование многопоточности Для повышения производительности вычисления в USPARS распараллелены с использованием средств библиотеки OpenMP. Это позволяет ускорить работу при увеличении количества вычислительных ядер. В программе можно самим задавать число используемых omp-потоков.

Новая клиентская часть системы GeneNet. Она предоставляет возможности создания, редактирования и дальнейшего анализа генных сетей. GeneNetStudio поддерживает систему отсеков, которые позволяют описывать генную сеть на основе пространственных особенностей. Программный комплекс включает в себя такие подсистемы: (1) поиск схем регулирования; (2) филогенетический распад генной сети; (3) преобразование ассоциативно-семантических сетей молекулярно-генетических взаимодействий из системы ANDCell в генные сети; (4) преобразование сетевых моделей в двудольное представление и другие. В состав системы GeneNet входят: база данных по компонентам генной сети, Java-программа для визуализации данных. Разработчики программы: Группа моделирования молекулярно-генетических систем Института цитологии и генетики СО РАН

WebProAnalyst — это инструмент анализа, предназначенный для сканирования количественных взаимосвязей структура-активность в семействах белков. Инструмент позволяет пользователям искать корреляции между активностью белка и физико-химическими характеристиками (т.е. гидрофобностью или альфа-спиральной амфипатичностью) в запрашиваемых последовательностях. WebProAnalyst использует выровненные аминокислотные последовательности и данные об активности белков (pK, Km , ED50 и другие ). Программа позволяет предсказывать мутации для целенаправленного изменения величины активности белков или других их свойств на основе количественного анализа взаимосвязи структура-активность в белковых семействах. Автор программы Иванисенко Владимир Александрович

Создание, редактирование и аннотирование последовательностей нуклеиновых кислот и белков. Поиск по онлайн-базам данных: NCBI, ENSEMBL, PDB, SWISS-PROT, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL, UniProt(DAS), Ensembl Human Genes (DAS). Множественное выравнивание последовательностей: ClustalW, ClustalO, MUSCLE, Kalign, MAFFT, T-Coffee. Онлайн и локальный поиск BLAST+ Рестрикционный анализ с использованием интегрированной базы данных ферментов рестрикции REBASE Интегрированный пакет Primer3 для разработки праймеров для ПЦР Поиск прямых, инвертированных и тандемных повторов в последовательностях ДНК. Построение точечных диаграмм для последовательностей нуклеиновых кислот Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов (TFBS) с помощью весовой матрицы и алгоритмов SITECON. Согласование коротких чтений с Bowtie, Bowtie 2, BWA, BWA-SW и UGENE Genome Aligner Сборка контига с CAP3 Поиск ORF Клонирование in silico Просмотрщик 3D-структур файлов в форматах PDB и MMDB, поддержка анаглифного просмотра. Прогнозирование вторичной структуры белка с помощью алгоритмов GOR IV и PSIPRED Интеграция пакетов HMMER2 и HMMER3 Построение (с использованием интегрированных пакетов PHYLIP и MrBayes) и просмотр филогенетических деревьев. Локальное выравнивание последовательностей с помощью оптимизированного алгоритма Смита-Уотермана Объединение различных алгоритмов в пользовательские рабочие процессы с помощью UGENE Workflow Designer. Поиск шаблона результатов различных алгоритмов в последовательности нуклеиновой кислоты с помощью UGENE Query Designer Визуализация данных секвенирования следующего поколения (файлы BAM) с помощью браузера сборок UGENE. ПЦР in silico Ассемблер Spade (Spanning-tree Progression Analysis of Density-normalized Events) de novo

В программный модуль STEP+ включены алгоритмы численного анализа решения автономной системы в зависимости от параметров модели: - многошаговый метод Гира с переменным порядком точности для интегрирования жестких систем; - метод продолжения решения по параметру для построения диаграммы стационарных решений автономной системы; - численный критерий Годунова-Булгакова для определения гарантированной асимптотической устойчивости стационарных решений в зависимости от параметра модели. Разработчики программы: Группа моделирования молекулярно-генетических систем Института цитологии и генетики СО РАН

База данных ArtSite предназначена для аннотации экспериментальной информации по структуре сайтов связывания транскрипционных факторов (ТФ) у про- и эукариот. База основана на описании структуры сайтов связывания ТФ с помощью частотных матриц, которые построены в результате выравнивания представительных выборок нуклеотидных последовательностей сайтов связывания ТФ. Выборки сайтов созданы на основе in vitro синтезированных последовательностей, выявленных с помощью различных методов селекции, и описанных в научных статьях, опубликованных в открытой печати. Матрицы были построены на основе выравниваний репрезентативных выборок сайтов связывания транскрипционных факторов, содержащих в общей сложности более 10 тысяч последовательностей. Язык программирования: Icarus СУБД: Sequence Retrieval System (SRS) Разработчики программы (базы данных): Хлебодарова Тамара Михайловна

Программа предназначена для функциональной аннотации белковых молекул, реконструкции сетей белок-белковых и белок-лиганд взаимодействий. Программа позволяет распознавать функциональные сайты в пространственных структурах белков, включая: сайты каталитических центров ферментов, сайты посттрансляционных модификаций белков, сайты связывания ионов металлов, сайты связывания органических и неорганических лигандов, сайты связывания ДНК и РНК, а также восстанавливать пространственные структуры комплексов лигандов с активными сайтами белков. Программа обеспечивает выявление функционально важных свойств структуры белков, необходимых для решения задач идентификации функции белков, поиска мишеней для лекарственных препаратов и целенаправленного конструирования белков с улучшенными медико-биологическими свойствами, а также поиск и конструирование низкомолекулярных лигандов, способных связываться с активными центрами белков. Автор программы: Иванисенко Владимир Александрович

Сервис позволяет сканировать последовательность с максимальной длиной 40 000 аминокислот на наличие совпадений с базами данных сигнатур белков.

Расчет распространения шума от внешних источников, с выпуском подробных результатов в текстовом виде; Подготовку карт-схем местности. Включает развитые средства ввода данных (в том числе источников шума, различных видов препятствий и ограждающих конструкций) мышью на экране, использование растровых картинок, полученных с помощью сканера; Выпуск графических результатов расчетов ожидаемых уровней шума в нормируемых точках (граница санитарно-защитных, жилой зоны и др.); Построение расчётной (предварительной) санитарно-защитной зоны по фактору акустического воздействия; Каталог шумовых характеристик технологического оборудования (к СНиП II-12-77); Каталог источников шума и средств защиты. – Воронеж, 2004. Использованные нормативно-методические документы: 1. МУК 4.3.2194-07 Контроль уровня шума на территории жилой застройки, в жилых и общественных зданиях и помещениях 2. СанПиН 1.2.3685-21 Гигиенические нормативы и требования к обеспечению безопасности и (или) безвредности для человека факторов среды обитания. 3. СП 51.13330.2011 актуализированный СНиП 23-03-2003 и СНиП II-12-77. Защита от шума 4. ГОСТ 31295.1-2005 Затухание шума при распространении на местности