UGENE

Unipro UGENE предоставляет множество методов обработки генетических и белковых последовательностей. Это — анализ, аннотирование, сравнение, поиск, выравнивание, моделирование, комплексные вычисления. Разнообразная визуализация, навигация и масштабирование, поддержка множества генетических форматов данных , оптимизация алгоритмов, возможности редактирования и графического построения различных вычислительных схем существенно ускоряют работу. UGENE отлично работает на Windows, Mac OS, Linux и прост в установке и использовании. Обладает интерфейсом как на русском, так и на английском языке. Ниже представлены основные возможности продукта: Создание, редактирование и аннотирование нуклеотидных и белковых последовательностей. Быстрый поиск в последовательности Множественное выравнивание последовательностей: ClustalW, ClustalO, MUSCLE, Kalign, MAFFT, T-Coffee Поиск в онлайн базах данных: NCBI, PDB, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL, серверы DAS Онлайн и локальный BLAST поиск ПЦР in silico Поиск открытых рамок считывания Рестрикционный анализ со встроенной базой данных ферментов рестрикции REBASE Интегрированный пакет Primer3 для дизайна ПЦР праймеров Аннотирование плазмид Клонирование in silico Выравнивание на геном с помощью Bowtie, BWA или UGENE Genome Aligner Визуализация выравненных коротких прочтений с помощью UGENE Assembly Browser Поиск геномных вариаций с помощью SAMtools Обработка сырых данных NGS Анализ RNA-Seq данных с помощью TopHat и инструментов Cufflinks SPAdes de novo ассемблер Поиск гомологов с HMMER2 и HMMER3 Работа с хроматограммами Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов с использованием весовых матриц или алгоритма SITECON Поиск повторов в последовательности ДНК: прямых, обратных, тандемных Локальное выравнивание последовательности с использованием оптимизированной версии алгоритма Смита-Ватермана Построение филогенетических деревьев (с помощью IQ-TREE, PHYLIP Neighbor Joining, MrBayes или PhyML Maximum Likelyhood) и редактирование деревьев Комбинирование различных алгоритмов в вычислительную схему с помощью дизайнера вычислительных схем Сборки контигов (CAP3) Отображение 3D структуры белков для форматов PDB и MMDB formats, поддержка стереоэффекта Предсказание вторичной структуры белка с помощью алгоритмов GOR IV и PSIPRED Конструирование точечных графиков для ДНК последовательностей Выравнивание мРНК (Spidey) Поиск шаблона результатов различных алгоритмов в нуклеотидной последовательности с помощью дизайнера запросов.

Unipro UGENE предоставляет множество методов обработки генетических и белковых последовательностей. Это — анализ, аннотирование, сравнение, поиск, выравнивание, моделирование, комплексные вычисления. Разнообразная визуализация, навигация и масштабирование, поддержка множества генетических форматов данных , оптимизация алгоритмов, возможности редактирования и графического построения различных вычислительных схем существенно ускоряют работу. UGENE отлично работает на Windows, Mac OS, Linux и прост в установке и использовании. Обладает интерфейсом как на русском, так и на английском языке. Редактирование и аннотирование последовательностей Поиск функциональных элементов и гомологов Выравнивание и филогения Клонирование in silico/ПЦР in silico Работа с хроматограммами Обработка данных NGS — сборка и визуализация генома, транскриптома, ChiP-Seq Поиск геномных вариаций Поиск в удаленных базах данных Дизайнер вычислительных схем для многошагового анализа с десятками готовых схем