Поиск

Набор содержит концентрированный раствор флуоресцентного красителя, буфер для разведения и стандарты концентрации белка (0, 200, 400 нг/мкл). При смешивании с образцом, краситель селективно связывается с белком, обеспечивая точное измерение концентрации исследуемого образца. Набор QuDye Protein оптимизирован для измерения концентрации белка в диапазоне от 12,5 мкг/мл до 5 мг/мл для исходного образца (диапазон количества белка для измерения на флуориметре: 0,25–5 мкг белка в 200 мкл образца для измерения). Анализ выполняется при комнатной температуре и уровень флуоресценции остается стабильным в течение 3 часов. На измерение концентрации не оказывают влияния примеси (отдельные нуклеотиды и аминокислоты, восстанавливающие агенты, соли, ДНК), кроме детергентов.

Строительный блок, содержащий талидомид, с линкером ПЭГ2 и карбоксильной группой для удобной сборки молекулы PROTAC посредством конъюгации с амин-содержащими линкерами и лигандами целевого белка. Карбоксильную группу предварительно необходимо активировать с помощью реагентов для пептидного синтеза, таких как PyBOP, или карбодиимидов (EDC, DCC). ПЭГ2 — гидрофильный линкер, обеспечивающий пространственное разделение компонентов молекулы PROTAC. Комбинированные молекулы выборочного протеолиза белка (PROteolysis TArgeting Chimeras, PROTACs) — это гетеробифункциональные молекулы, способные проникать через клеточную мембрану, и позволяющие удалять выбранный целевой белок из клетки. Один конец молекулы PROTAC содержит лиганд, способный связываться с белком интереса, а второй — с субтрат-распознающим белком белкового комплекса E3-лигазы. Сближение белка и E3-лигазы вызывает полиубиквитинирование субстрата с последующей его деградацией клеточной протеасомой, которая распознает убиквитиновую метку. Существует несколько Е3-лигазных комплексов, которые на практике подходят для PROTAC. Талидомид — лиганд, который позволяет мобилизовать цереблон E3-лигазу (CRBN). Его используют многие новые исследовательские препараты работающие по механизму PROTAC, находящиеся на последних стадиях клинических испытаний.

DusQ 2 фосфорамидит подходит для синтеза олигонуклеотидов с тушителем DusQ 2 на 5’-, 3’-конце, а также в середине цепи. Данный фосфорамидит имеет DMT-защиту, что дает возможность проведения очистки синтезированного 5’-меченого олигонуклеотида на картридже. Данный фосфорамидит чаще всего используется для синтеза дважды меченых зондов для количественной ПЦР с тушителем DusQ 2 на 5’-конце. DusQ 2 — тушитель флуоресценции с максимальным поглощением в диапазоне 560–670 нм, подходит для эффективного тушения по механизму FRET флуорофоров с эмиссией в указанном диапазоне. Кроме того, он используется в гибридизационных зондах на основе статического и смешанного тушения. Поскольку для DusQ 2 эффективность тушения в незначительной степени зависит от перекрытия спектров флуорофора и тушителя, он подходит для широкого спектра флуорофоров, в том числе с эмиссией в оранжевом и красном диапазонах. Список флуорофоров для использования с DusQ 2 включает, но не ограничивается Cyanine3, TAMRA, ROX, Cyanine3.5, Cyanine5, Cyanine5.5.

Индоцианиновый Зеленый (также известный как ICG, IC Green, Foxgreen, Индоцианин) используется для визуализации в высоком качестве и проточной цитометрии. Этот краситель растворим в воде и не чувствителен к pH. Флуоресценция ICG не видна человеческому глазу, но легко обнаруживается большинством систем визуализации. Индоцианиновый Зеленый прочно связывается с белками плазмы, благодаря чему его распространение ограничивается сосудистой системой. Краситель имеет период полувыведения от 150 до 180 с и удаляется из кровообращения преимущественно печенью вместе с желчным соком. Индоцианиновый Зеленый используется для оценки сердечного выброса, функции печени, кровотока в печени и желудке, а также для офтальмологической ангиографии.

Сайт узнавания и позиция гидролиза: ATTAAT AT↑TAAT TAATTA TAAT↓TA Источник: Из штамма E.coli несущего клонированный ген VspI из Vibrio species 343 Определение единицы активности: За единицу активности принимается количество фермента, необходимое для гидролиза 1 мкг ДНК фага лямбда за 1 час при 37°С в 50 мкл реакционной смеси. Субстрат для определения активности: ДНК фага лямбда Оптимальный буфер: SE-буфер W Активность фермента в различных буферах в процентах от максимальной: B G O W Y ROSE 10 50 100 25 50 Условия хранения: 10 mM Tris-HCl (pH 7.6); 50 mM NaCl; 0.1 mM EDTA; 200 μg/ml BSA; 1 mM DTT; 50% глицерин; Хранить при -20°С. Лигирование: После гидролиза 10-кратным избытком фермента 70% фрагментов ДНК сшиваются ДНК лигазой и 90% из них могут быть повторно расщеплены. В присутствии 10% ПЭГ сшивка более эффективна. Неспецифический гидролиз: Картина специфического гидролиза не изменяется при обработке 1 мкг ДНК 10 ед фермента в течение 16 часов при 37°С Чувствительность к метилированию: Блокируется метилированием ATTAmAT. С ферментом поставляется: 10 Х SE-буфер W. Для фасовок Turbo прикладывается 10 X SE-буфер ROSE.

Тест-система для выявления РНК вируса рода Arterivirus, вызывающего респираторно-репродуктивный синдром свиней, методом ОТ-ПЦР.

TMR DN - это нетоксичный для клеток зонд на основе 5-карбокситетраметилродамина (TMR) и контактного тушителя динитроанилина (DN), способный проникать в клетку через клеточную мембрану. Коровая часть молекулы представляет собой ароматический фрагмент с отрицательно-заряженной карбоксильной группой и обладает выраженными флуоресцентными свойствами, при этом уменьшает неспецифическое связывание с геномной ДНК или РНК. Сенсоры на основе РНК-аптамеров и TMR DN используются для внутриклеточной визуализации мРНК, рРНК в живых прокариотических и эукариотических клетках. Тандемные повторы аптамеров (например, SRB-2) могут быть преимуществом для визуализации менее стабильных РНК и тех РНК, количества которых в клетке очень малы. Преимуществом системы SRB-2/TMR DN является ее высокая яркость, сравнимая с GFP (зеленым флуоресцентным белком), при меньших размерах комплекса. SRB-2 также полностью ортогонален Spinach/Broccoli аптамерам, перекрестная реактивность между аптамерами и их лигандами (TMR DN и DFHBI) отсутствует, что позволяет использовать TMR DN и SRB-2 в комбинации с другими парами зонд/аптамер для визуализации и изучения динамики одновременно нескольких РНК [1]. Максимумы возбуждения и флуоресценции комплекса SRB-2/TMR DN составляют 561 и 587 нм соответственно и находятся в оранжевой области спектра, где собственная клеточная автофлуоресценция довольно низкая [2].

Данный фосфорамидит используется для синтеза олигонуклеотидов, меченых TAMRA на 5’-конце. TAMRA (карбокситетраметилродамин) — ксантеновый краситель родаминового ряда с эмиссией в оранжевой области спектра (максимум на 563 нм). Данный флуорофор традиционно используется в качестве FRET-акцептора (и тушителя) в паре с флуоресцеином (FAM) благодаря значительному перекрытию их спектров. Поэтому данный фосфорамидит удобно использовать для синтеза дважды меченых зондов TaqMan, содержащих TAMRA на 5’-конце и FAM в середине последовательности или на 3’-конце (с использованием Флуоресцеин dT фосфорамидита и FAM CPG соответственно). 5’-меченые красителем TAMRA олигонуклеотиды часто используются для количественной ПЦР и фрагментного анализа (например, для анализа микросателлитов), поскольку доступное оборудование часто имеет канал детекции для TAMRA. Поскольку краситель TAMRA не стабилен в присутствие аммиака и первичных стерически незатрудненных аминов, настоятельно рекомендуется соблюдать указанные условия деблокирования меченых олигонуклеотидов.

Олигоэтиленгликоли - гидрофильные линкеры, находящие применение в биоконъюгации. Данная бифункциональная молекула на основе короткого линкера диэтиленгликоля (ПЭГ2) содержит аминогруппу, которую можно модифицировать путем ацилирования (ангидридами и активированными эфирами), восстановительного аминирования (реакции с альдегидами и кетонами в присутствии восстановителя), алкилирования (эпоксидами, галогенидами), а также с помощью других реакций. Другая функциональная группа - алкиновая - вступает в медь-катализируемую реакцию диполярного циклоприсоединения с азидами (CuAAC) и палладий-катализируемую реакцию Соногаширы с арил- и винилгалогенидами и трифлатами.

Готовый набор для мечения антител красителем sulfo-Cyanine3 dye, эквивалентом Cy3®. Этот набор содержит все необходимые компоненты (реагенты и расходные материалы) для того, чтобы провести 10 реакций мечения (до 100 мкг антитела на реакцию). Очистка продукта осуществляется с помощью гель-фильтрации на спин-колонках, включенных в набор. Точное измерение количества красителя гарантирует воспроизводимый результат мечения и оптимальное число молекул красителя на молекулу антителаe. Очищенные меченые антитела в буфере PBS будут готовы через 40 минут (из них только 10 минут работы руками). Набор совместим с Трис-буфером, азидом натрия, глицерином.

sulfo-Cyanine3 — сульфированное производное красителя Cyanine3, хорошо растворимое в воде за счет наличия в структуре красителя двух отрицательно заряженных сульфогрупп. По спектральным свойствам является аналогом Cy™3 с максимумом флуоресценции в желто-оранжевой области спектра. Гидразиды эффективно взаимодействуют с альдегидами и кетонами с образованием гидразонов, поэтому данное соединение хорошо подходит для коньюгации с карбонильными производными биомолекул. Реакция проходит в водных условиях, что важно при работе с антителами и многими другими белками. Цис-диольные группы в сахарах в структуре гликозилированных белков и антител можно окислить в диальдегиды, а цистеин в белках можно ферментативно превратить в формилглицин — реакционноспособные группы для конъюгации с гидразидом sulfo-Cyanine3. Карбоксильные группы аспарагиновой и глутаминовой кислот в белках и пептидах также могут быть конъюгированы с гидразидом sulfo-Cyanine3 в присутствии активирующих агентов: производных карбодиимида (EDAC) или метилморфолина (DMTMM).

Азид-ПЭГ3-йодид - бифункциональный линкер, содержащий высокореакционноспособную иодидную группу. Этот иодид с высокой скоростью алкилирует различные C-, O-, N-, S-нуклеофилы. Органические иодиды примерно на порядок активнее бромидов, и на 4 порядка активнее хлоридов в реакциях замещения, протекающих по механизму SN2. Это означает, что реакция алкилирования иодидом займет в 10 раз меньше времени, чем аналогичная реакция алкилбромида. Поэтому эта молекула позволяет проводить алкилирование очень быстро. ПЭГ3 - гидрофильный линкер средней длины. Азидогруппу можно вводить в реакции клик-химии и лигирования по Штаудингеру. Ее также легко восстановить в аминогруппу.