Поиск

Флуоресцеин (FAM) - ксантеновый краситель, родоначальное соединение класса флуоресцеинов. Это производное флуоресцеина - гидразид для конъюгации с карбонильными соединенями (альдегидами и кетонами). Флуоресцеин - яркий флуорофор, совместимый с различным оборудованием для детекции флуоресценции. Углеводы также часто метят с помощью гидразидов - в этом случае их сначала окисляют периодатом до карбонильных соединений, затем вводят в реакцию с гидразидным производным красителя.

Окрашивание по Нисслю — широко используемый гистологический метод визуализации морфологии нервной ткани. Метод основан на взаимодействии основных красителей с нуклеиновыми кислотами клеток. Из-за интенсивного синтеза белка, перикарион нейронов имеет высокое содержание рибосомальной РНК в шероховатом эндоплазматическом ретикулуме (т.н. «вещество Ниссля»), и в следствие этого, окрашивание нейронов основными красителями в цитоплазме более выражено, чем в ядрах. На этом основании окрашенные по Нисслю нейроны можно отличить от глиальных клеток, а данный метод считается специфичным для обнаружения нейронов. Deep-Red Fluorescent Nissl Stain — непроникающий в живые клетки краситель, который не флуоресцирует в отсутствие нуклеиновых кислот. Краситель многократно усиливает свою флуоресценцию при связывании с РНК и ДНК. Длинноволновая флуоресценция Deep-Red Fluorescent Nissl Stain сильно отстоит от зеленого и красного каналов, что делает этот краситель идеальным для экспериментов с многоцветным флуоресцентным мечением.

LumiMount DAPI — заливочная среда на водной основе, содержащая DAPI (4’,6-диамидино-2-фенилиндол), для заключения под покровные стекла и визуализации флуоресцентно меченных образцов клеток или тканей. DAPI — синий флуоресцентный краситель, который прочно связывается с участками ДНК, богатыми аденином и тимином, и используется для контрастирования клеточных ядер, а также для окрашивания хромосом. DAPI демонстрирует ~20-кратное усиление флуоресценции при связывании с двухцепочечной ДНК с максимумами поглощения при 358 нм и испускания при 461 нм. LumiMount DAPI совместим с большинством флуоресцентных маркеров, используемых в микроскопии. Он препятствует выцветанию флуорохромов во время визуализации благодаря содержанию специального anti-fade агента. Коэффициент преломления жидкой заливочной среды составляет 1.38, но данный показатель может увеличиваться до 1.46 по мере испарения воды из-под покровного стекла. LumiMount DAPI обеспечивает полупостоянную герметизацию препаратов, достаточную для их длительного хранения при температуре от +2°C до +8°C. Поскольку LumiMount DAPI растворяется в воде, покровное стекло можно снять, погрузив препарат в раствор PBS до тех пор, пока покровное стекло не отделится. Для большей герметизации препарата рекомендуется заклеивать края покровного стекла водонепроницаемым лаком.

5-Винилуридин (VU) представляет собой производное уридина с концевой алкеновой группой, использующееся для исследования и мониторинга транскрипции РНК в клетках вместо 5-этинилуридина (EU). Винилуридин легко поглощается живыми клетками и включается РНК-полимеразами вместо эндогенного уридина в новосинтезированные молекулы РНК, но не в ДНК [1]. Синтезированная de novo РНК, меченная винилуридином, может быть затем обнаружена с помощью быстрой и высокочувствительной реакции циклоприсоединения с обращенными электронными требованиями Дильса-Альдера (IEDDA) между винильной группой и флуоресцентно- или биотин-меченым тетразином. Меченую РНК можно детектировать затем с помощью различных методов оценки уровня клеточной транскрипции, например, методами флуоресцентной микроскопии или проточной цитометрии.

AF 488 – флуоресцентный краситель. AF 488 является нечувствительным к pH среды флуорофором в диапазоне от 4 до 10. AF 488 имеет максимум поглощения при 495 нм, эмиссии – при 519 нм, что соответствует зеленой области спектра. Краситель гидрофилен и применяется для введения флуоресцентной метки в различные молекулы, в том числе белки и антитела. Конъюгаты молекул с AF 488 широко используются в проточной цитометрии и микроскопии, обладая высокой яркостью и фотостабильностью. Это позволяет детектировать биологические объекты с высокой чувствительностью при более длительных периодах съемки. Азид AF 488 взаимодействует с алкинильными производными биомолекул в реакциях Click Chemistry, как в присутствии медного (I) катализатора – с терминальными алкинами, так и без катализатора – с циклооктинами, приводя к образованию устойчивых аддуктов.

sulfo-Cyanine3.5 — краситель с флуоресценцией в оранжевой области спектра (максимум поглощения на 576 нм, максимум испускания на 603 нм). Спектры поглощения и испускания данного флуорофора находятся между спектрами красителей Cyanine3 и Cyanine5. По этой причине sulfo-Cyanine3.5 часто используется в качестве FRET-донора в паре с Cyanine5 и качестве FRET-акцептора в паре с Cyanine3, а также в экспериментах BRET. sulfo-Cyanine3.5 — сульфированное производное с 4 сульфогруппами в составе красителя, что обеспечивает высокую гидрофильность реагента и позволяет проводить все реакции с ним в водных растворах, без добавления органических растворителей. Данный реагент — алкиновое производное красителя sulfo-Cyanine3.5 для медь-катализируемой клик-реакции. Терминальная алкинильная (ацетиленовая) группа позволяет конъюгировать флуорофор с молекулами, содержащими азидную группу, посредством реакции 3+2-диполярного циклоприсоединения в присутствии катализатора на основе меди(I).

Производное бордипиррометенового (BDP) флуорофора, обладающий яркой флуоресценцией в газовой фазе. Пары 3,5-диметил-BDP обладают флуоресценцией, которую можно легко увидеть невооруженным глазом при возбуждении светодиодной лампой с длиной волны 365 нм. Яркая флуоресценция летучих красителей BDP представляет собой уникальное свойство. Возбуждение флуоресценции в газофазных системах при длине волны 494 нм, испускание при 499 нм. Таким же свойством, характерным для газофлуоресциющих BDP, обладает и BDP 505/515 краситель для липидов (в газовой фазе λmax(ex) = 492 nm; λmax(em) = 497 nm).

DusQ 1 фосфорамидит содержит нефлуоресцирующий тушитель с широким спектром поглощения, который перекрывает спектры флуоресценции в жёлтой и зелёной части спектра. Этот продукт используется для синтеза дважды меченых зондов для количественной ПЦР с тушителем DusQ 1 на 5’-конце и в других областях применения тушения по механизму FRET для мультиплексного анализа. Данный фосфорамидит имеет DMT-защиту гидроксиметильной группы, и может использоваться для очистки на картридже. Для DusQ 1 характерно поглощение в диапазоне 480 - 580 нм, что можно использовать для создания зондов для количественной ПЦР в сочетании с распространенными репортерами, такими как FAM, TET, JOE, HEX, Cyanine3 с целью формирования комплексов с высокой эффективностью тушения.

Сайт узнавания и позиция гидролиза: ACCTGC(N)4 ACCTGC(N)4↑ TGGACG(N)8 TGGACG(N)8↓ Источник: Acinetobacter calcoaceticus 36 Определение единицы активности: За единицу активности принимается количество фермента, необходимое для гидролиза 1 мкг ДНК фага лямбда за 1 час при 37°С в 50 мкл реакционной смеси. Субстрат для определения активности: ДНК фага лямбда Оптимальный буфер: SE-буфер Y Активность фермента в различных буферах в процентах от максимальной: B G O W Y ROSE 25 25 50 50 100 100 Условия хранения: 10 mM Tris-HCl (pH 7.5); 100 mM NaCl; 0.1 mM EDTA; 100 ug/ml BSA; 7 mM 2-меркаптоэтанол; 50% глицерин; Хранить при -20°С. Лигирование: После гидролиза 3-кратным избытком фермента 90% фрагментов ДНК сшиваются ДНК-лигазой и могут быть повторно расщеплены. Неспецифический гидролиз: Картина специфического гидролиза не изменяется при обработке 1 мкг ДНК 4 ед фермента в течение 16 часов при 37°С. Чувствительность к метилированию: не проверялось С ферментом поставляется: 10 Х SE-буфер Y Примечание: Избыток фермента приводит к появлению звездчатой активности.

В последние годы Cyanine5 (аналог Cy5®) приобрел весьма широкую популярность в качестве флуоресцентной метки как в исследованиях в области биологических наук, так и в диагностических применениях. Максимум флуоресценции этого флуорофора приходится на красную область спектра, где многие CCD-детекторы имеют максимальную чувствительность, а фон от биологических объектов низок. Цвет красителя очень насыщенный: даже весьма малые его количества (1 наномоль) можно увидеть в гель-электрофорезе невооруженным глазом. Активированное N-гидроксисукцинимидное (NHS) производное этого красителя (Cy5® NHS эфир) применяется для мечения аминогрупп в пептидах, белках, амино-модифицированных олигонуклеотидах. Для проведения реакции требуется небольшое количество органического растворителя (ДМФА или ДМСО - подробности см. в рекомендованном нами для этого реагента протоколе). Данный реагент идеален для мечения водорастворимых белков, пептидов и олигонуклеотидов. Он также хорошо работает в органических растворителях для мечения малых молекул. Для легко денатурируемых белков и в других молекул, плохо совместимых органическими сорастворителями, рекомендуется использовать водорастворимый активированный эфир sulfo-Cyanine5, не требующий использования органического растворителя и имеющий практически идентичные флуоресцентные свойства. Флуорофор Cyanine5 совместим с различными аналитическими приборами, включая большинство флуоресцентных микроскопов, имэджеров, сканеров флуоресценции. Существует ряд аналогов Сyanine5. Активированный эфир Cyanine5 успешно заменяет активированные эфиры Cy5® и DyLight 649.

Готовый набор для мечения антител красителем sulfo-Cyanine7. Этот набор содержит все необходимые компоненты (реагенты и расходные материалы) для того, чтобы провести 10 реакций мечения (до 100 мкг антитела на реакцию). Очистка продукта осуществляется с помощью гель-фильтрации на спин-колонках, включенных в набор. Точное измерение количества красителя гарантирует воспроизводимый результат мечения и оптимальное число молекул красителя на молекулу антитела. Очищенные меченые антитела в буфере PBS будут готовы через 40 минут (из них только 10 минут работы руками). Набор совместим с Трис-буфером, азидом натрия, глицерином.

3,5-бис-[(E)-2-фенилэтенил]-BDP — это соединение симметричного строения из ряда бис(гетеро)арилэтенил-замещённых дифторидов дипиррометенбора. В молекуле присутствуют в транс-конфигурации относительно двойных связей две фенилэтенильные группы, что делает данное производное красителя BDP в значительной степени липофильным. Это нефункционализированное производное BDP может использоваться в микроскопии для проникновения внутрь клетки и окрашивания липидов. Производные флуорофора BDP обладают высокими квантовым выходом и фотохимической стабильностью, и могут применяться в качестве флуорогенных зондов для индикации липидных капель. Для производных с расширенной π-электронной системой благодаря введению ароматических, алкенильных или алкинильных заместителей в 3- и 5-положении дипирринового остова характерен сдвиг эмиссионного спектра в красную область по сравнению с большинством маркеров липидных капель из ряда классических красителей семейства бордипиррометена.