Pindex (Paternity INDEX)

Мощная интегрированная база данных, собранная по наиболее известным мировым источникам молекулярно-биологических данных. Промышленная бета-версия находится на стадии тестирования.. Инструмент помогает: быстро получать исчерпывающую информацию по каждой вариации (гены, риски, болезни) выбирать интересующие вариации, с помощью программных фильтров (по болезням, по положению в генах/хромосомах, по повреждающему эффекту, по встречаемости, а также неизвестные) детально визуализировать интересующие вариации Бета-версия доступна по запросу на snp-dev[ ]unipro.ru

Программа предназначена для расчёта вероятности случайного совпадения комбинированных генотипов для анализируемых биологических образцов при ДНК исследованиях и может быть использована в экспертной практике судебно-медицинских, криминалистических, клинико-диагностических, гистологических и других лабораторий, занимающихся идентификацией происхождения биологических образцов (идентификацией личности). Программа обеспечивает выполнение следующих функций: - выбор эталонной популяции для расчётов; - ввод генотипов для одного обследованного лица (объекта) по отдельным локусам; - расчёт популяционной частоты встречаемости выявленного генотипа по каждому локусу; - расчёт популяционной частоты встречаемости комбинированного генотипа по нескольким выбранным локусам; - сохранение результатов работы в отдельном файле; - возможно изменение конфигурации служебных файлов по усмотрению пользователя, в том числе создание опорных (эталонных) частот аллелей для любой локальной популяции.

Программа предназначена для функциональной аннотации белковых молекул, реконструкции сетей белок-белковых и белок-лиганд взаимодействий. Программа позволяет распознавать функциональные сайты в пространственных структурах белков, включая: сайты каталитических центров ферментов, сайты посттрансляционных модификаций белков, сайты связывания ионов металлов, сайты связывания органических и неорганических лигандов, сайты связывания ДНК и РНК, а также восстанавливать пространственные структуры комплексов лигандов с активными сайтами белков. Программа обеспечивает выявление функционально важных свойств структуры белков, необходимых для решения задач идентификации функции белков, поиска мишеней для лекарственных препаратов и целенаправленного конструирования белков с улучшенными медико-биологическими свойствами, а также поиск и конструирование низкомолекулярных лигандов, способных связываться с активными центрами белков. Автор программы: Иванисенко Владимир Александрович

Наш инструмент помогает: быстро получать исчерпывающую информацию по каждой вариации (гены, риски, болезни) выбирать интересующие вариации, с помощью программных фильтров (по болезням, по положению в генах/хромосомах, по повреждающему эффекту, по встречаемости, а также неизвестные) детально визуализировать интересующие вариации Вариации можно загружать в любом доступном формате (vcg, gvf, …) полученные в любом исследовании, будь то секвенирование, PCR диагностика или микрочиповый анализ. Каждая загруженная вариация сравнивается с объединенной базой данных, собранной из курируемых открытых мировых источников (UCSC, OMIM, GAD,…) , и сводная информация выдается единым блоком. Можно отбирать из загруженных вариаций разные списки, удовлетворяющие критериям поиска. Отчет можно распечатать как по списку вариаций, так и по каждой в отдельности.

WebProAnalyst — это инструмент анализа, предназначенный для сканирования количественных взаимосвязей структура-активность в семействах белков. Инструмент позволяет пользователям искать корреляции между активностью белка и физико-химическими характеристиками (т.е. гидрофобностью или альфа-спиральной амфипатичностью) в запрашиваемых последовательностях. WebProAnalyst использует выровненные аминокислотные последовательности и данные об активности белков (pK, Km , ED50 и другие ). Программа позволяет предсказывать мутации для целенаправленного изменения величины активности белков или других их свойств на основе количественного анализа взаимосвязи структура-активность в белковых семействах. Автор программы Иванисенко Владимир Александрович

Oncobox Sample Storage является RESTfull сервисом. Для сравнения и полноценного анализа нескольких образцов требуются дополнительные данные о пациенте, терапии и так далее. Часто они доступны только в неупорядоченном или неполном виде. Предварительное структурирование позволяет быстро отбирать для анализа требуемые образцы и сравнивать результаты друг с другом. ПО может использоваться в: В научных исследованиях, где требуется анализ групп образцов. Например, при поиске новых молекулярных мишеней, исследовании эффективности препаратов, поиске клинико-патологических зависимостей. В медицинской деятельности для накопления данных о пациентах и последующего анализа транскриптомных изменений в опухоли для выбора наиболее эффективной терапии.