Биореактивы

Дибензоциклооктин (ДБЦО, DBCO, ADIBO) — один из самых реакционноспособных циклоалкинов для реакций безмедной клик-химии (т.н. SPAAC, стерически промотируемого алкин-азидного циклоприсоединения). Скорость взаимодействия ДБЦО с азидами значительно выше, чем у других циклооктинов, а также Cu-катализируемой клик-реакции (CuAAC). В отличие от других циклооктинов, DBCO не вступает во взаимодействие с тетразинами, что позволят использовать его в биоортогональных реакциях совместно с транс-циклооктенами и тетразинами. Cyanine3B — цианиновый краситель с желтой эмиссией, являющийся улучшенной версией флуорофора Cyanine3 с высокой фотостабильностью. За счет зафиксированной конформации Cyanine3B имеет самый высокий квантовый выход эмиссии в сравнении с другими красителями этой длины волны. Данный краситель — сульфированное производное, которое можно использовать для конъюгации в водных растворах.

R6G (родамин 6G) - ксантеновый краситель, обладающий эмиссией в желтой области. Ранее он использовался для секвенирования; сейчас он находит широкое применение в ПЦР реального времени. Это чистый 5-изомер R6G, содержащий в структуре азидогруппу.

Модифицирующий носитель с размером пор 500 Å предназначен для синтеза олигонуклеотидов длиной до 50 оснований, модифицированных нефлуоресцирующим тушителем DusQ 1 на 3’-конце. Тушитель флуоресценции DusQ 1 характеризуется наиболее эффективным поглощением в диапазоне 480-580 нм, максимум поглощения находится при 534 нм. Подходит для смешанного тушения (сочетание статического и динамического тушения) большого числа флуорофоров, включая Biosearch Blue™, Marina Blue™, Edans, Bothell Blue, FAM™, JOE™, VIC™, R6G, HEX™, TET™, CAL Fluor™ Gold 540, Yakima Yellow™. Может использоваться для создания гибридизационных зондов типа TaqMan, Molecular Beacon, Scorpion.

Бициклононин (БЦН, BCN) - стабильный циклоалкин с высокой реакционной способностью в реакциях безмедной клик-химии (strain-promoted azyde-alkyne cycloaddition, SPAAC). В отличии от дибензоциклооктина (ДБЦО, DBCO), БЦН реактивен не только в отношении азидов, но и вступает в реакции циклоприсоединения Дильса-Альдера (IEDDA) с тетразинами. Бициклононин в эндо-BCN CE-фосфорамидит представлен в эндо-конформации, что обеспечивает более высокую скорость при циклоприсоединении по сравнению с экзо-конформером. БЦН-содержащие олигонуклеотиды могут быть использованы для конъюгации с азид- и тетразин-фунционализированными поверхностями, полимерами и большими белковыми молекулами. Время конденсации стандартное, как для амидитов природных нуклеозидов. На последнем шаге после конденсации амидита и окисления необходимо исключить стадию удаления диметокситритила (ДМТ, DMT), использовать протокол Dmt-ON. Условия деблокирования стандартные, с использованием концентрированного аммиака или смеси AMA (водный аммиак / 40% метиламин, 1:1).

Singlet Oxygen Sensor Green (SOSG) — флуорогенный индикатор для обнаружения синглетного кислорода (1O2) в водных растворах. SOSG способен встраиваться в живые клетки млекопитающих и может быть использован для визуализации in vivo внутриклеточного 1O2, а также различных клинических исследованиях. Молекула SOSG состоит из двух частей: флуорофора и захватывающего фрагмента — антрацена. В отсутствие синглетного кислорода эмиссия флуорофора гасится за счет переноса электронов с захватывающего фрагмента. SOSG демонстрирует слабую синюю флуоресценцию с максимумами возбуждения/эмиссии при 372/395 и 393/416 нм. В среде, содержащей 1O2, захватывающий фрагмент реагирует с синглетным кислородом и образует эндопероксид антрацена, который после этого перестаёт быть эффективным внутримолекулярным донором электронов. Прекращение тушения приводит к флуоресценции флуорофора с максимумами возбуждения/эмиссии около 504/525 нм.В отличие от других реагентов для детекции 1O2, SOSG обладает высокой селективностью в отношении синглетного кислорода и не проявляет заметной реакции на супероксид (•O2−) или гидроксильный радикал (•OH). Однако он активируется при щелочном pH и в некоторых растворителях, таких как ацетонитрил, ДМСО, ДМФА и ацетон. После получения реагента храните его в сухом и защищенном от света месте при температуре −20°C, не открывая пробирки до начала использования. Для приготовления стокового 5 мМ раствора, растворите содержимое пробирки с 100 мкг вещества в 33 мкл абсолютного метанола. Рабочие растворы SOSG готовят непосредственно перед использованием, излишки разбавленного реагента необходимо утилизировать по окончании работы. Оптимальную рабочую концентрацию SOSG определяют опытным путем, рекомендуемый диапазон начальной концентрации реагента составляет 1–10 мкМ.

Водорастворимый активированный эфир красителя sulfo-Cyanine3. Предназначен для мечения белков в водных растворах без добавки органического растворителя. Отлично подходит для мечения антител красителем sulfo-Cyanine3, идентичным Cy3®. Этот продукт является полным аналогом активированного эфира Cy3®. Он также заменяет DyLight 549 для любых применений. Несульфированую версию этого реагента - активированный эфир Cyanine3 - рекомендуем для мечения пептидов и амино-олигонуклеотидов.

Меченые нуклеозидтрифосфаты (dNTP) позволяют легко метить молекулы ДНК ферментативным путем. Таким способом получают ДНК-микрочипы, ПЦР-ампликоны и обратные транскрипты. sulfo-Cyanine3 - краситель, обладающий эмиссией в желтой части спектра. Наряду с sulfo-Cyanine5, это один из стандартных флуорофоров для проведения экспериментов на ДНК-чипах. sulfo-Cyanine3 dUTP - трифосфат, обеспечивающий высокую эффективность реакций мечения даже при использовании простых ферментов, таких как Taq-полимераза. Качество каждой партии контролируется с помощью ВЭЖХ-МС и тестирования в ферментативной реакции.

Стрептавидин представляет собой тетрамерный биотин-связывающий белок, выделенный из бактерии Streptomyces avidinii. Стрептавидин способен с высокой аффинностью и селективностью связывать до четырех молекул биотина посредством множественных водородных связей и ван-дер-ваальсовых взаимодействий. Из-за отсутствия углеводных модификаций и близкого к нейтральному pI, стрептавидин демонстрирует меньшее неспецифическое связывание, в сравнении с другим биотин-связывающим белком — авидином. Стрептавидин обладает высокой термостабильностью и устойчивостью к экстремальным значениям pH, денатурирующим агентам и ферментативной деградации, что позволяет использовать его в широком спектре экспериментальных условий. Флуоресцентные конъюгаты стрептавидина обычно используют в качестве реагента второй ступени для специфического обнаружения различных биотин-меченых биомолекул, таких как белки (антитела и др.), нуклеиновые кислоты, липиды в протоколах непрямого иммунофлуоресцентного окрашивания, вестерн-блоттинге, проточной цитометрии, микропланшетном анализе и других методах детекции. Данный стрептавидин представлен в форме лиофилизированного конъюгата с AF 488 — ярким, фотостабильным зеленым флуорофором, спектральные характеристики которого сходны с FITC (максимум поглощения — 495 нм, максимум эмиссии — 519 нм). Рекомендуемый диапазон концентраций для использования составляет 0,5-10 мкг/мл. Избегайте использования растворов, содержащих биотин (некоторые сыворотки, RPMI 1640 и т. д.) в качестве разбавителей.

Дуплекс-специфическая нуклеаза (ДСН) очищена из гепатопанкреаса камчатского краба с помощью модифицированного протокола. ДСН – термостабильная нуклеаза, обладающая специфичностью к двухцепочечной (дц) ДНК. ДСН проявляет гидролитическую активность в присутствии ионов двухвалентных металлов (например, Mg2+). ДСН может быть использована для удаления двухцепочечной ДНК из сложных смесей нуклеиновых кислот, например при нормализации образцов кДНК или при определении длины выступающих теломерных концов.

Тетраацетилированный N-(4-пентиноил)галактозамин (Ac4GalNAl) — меченый алкином моносахарид, который используется в качестве инструмента для исследования гликопротеинов путем метаболического мечения in vivo и последующего хемоселективного лигирования. Ac4GalNAl — проникающий внутрь клеток искусственный сахар, который метаболизируется и встраивается в клетку вместо своего природного моносахаридного аналога — N-ацетилгалактозамина (GalNAc). Образующиеся при этом алкинсодержащие гликопротеины могут быть обнаружены с помощью медь-катализируемой (CuAAC) клик-реакции с флуоресцентно-мечеными азидами или биотин-азидом.

DusQ 3 - тушитель для дальнего красного и ближнего ИК-диапазона, например для красителя Cyanine5.5. Тушитель можно присоедининть к 3'-концу олигонуклеотида в процессе автоматизированного олигонуклеотидного синтеза, используя этот носитель. DusQ 3 чувствителен к нуклеофильным реагентам, поэтому отщепление надо проводить осторожно в контролируемых условиях. Мы рекомендуем использовать феноксиацетил-защищенные мономеры (Ultramild). Альтернативным вариантом является использование активированного эфира DusQ 3 для пост-синтетического введения тушителя.

LumiTracker ER Red (также известен как ER-Tracker™ Red) — проникающий в клетки высокоселективный краситель эндоплазматического ретикулума (ER) для визуализации живых клеток. LumiTracker ER Red представляет собой производное красного флуоресцентного красителя BDP TR, соединенного с глибенкламидом (глибуридом). Глибенкламид связывается с рецепторами сульфонилмочевины (SUR) АТФ-зависимых калиевых каналов (KATP), которые активно представлены в эндоплазматическом ретикулуме. Окрашивание в клетках частично сохраняется после их фиксации формальдегидом. LumiTracker ER Red не подходит для окрашивания клеток после фиксации. Фармакологическая активность глибенкламида потенциально может влиять на функцию эндоплазматического ретикулума. Вариабельная экспрессия рецепторов сульфонилмочевины в некоторых специализированных типах клеток может приводить к появлению неспецифического мечения.