Поиск

Создание, редактирование и аннотирование последовательностей нуклеиновых кислот и белков. Поиск по онлайн-базам данных: NCBI, ENSEMBL, PDB, SWISS-PROT, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL, UniProt(DAS), Ensembl Human Genes (DAS). Множественное выравнивание последовательностей: ClustalW, ClustalO, MUSCLE, Kalign, MAFFT, T-Coffee. Онлайн и локальный поиск BLAST+ Рестрикционный анализ с использованием интегрированной базы данных ферментов рестрикции REBASE Интегрированный пакет Primer3 для разработки праймеров для ПЦР Поиск прямых, инвертированных и тандемных повторов в последовательностях ДНК. Построение точечных диаграмм для последовательностей нуклеиновых кислот Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов (TFBS) с помощью весовой матрицы и алгоритмов SITECON. Согласование коротких чтений с Bowtie, Bowtie 2, BWA, BWA-SW и UGENE Genome Aligner Сборка контига с CAP3 Поиск ORF Клонирование in silico Просмотрщик 3D-структур файлов в форматах PDB и MMDB, поддержка анаглифного просмотра. Прогнозирование вторичной структуры белка с помощью алгоритмов GOR IV и PSIPRED Интеграция пакетов HMMER2 и HMMER3 Построение (с использованием интегрированных пакетов PHYLIP и MrBayes) и просмотр филогенетических деревьев. Локальное выравнивание последовательностей с помощью оптимизированного алгоритма Смита-Уотермана Объединение различных алгоритмов в пользовательские рабочие процессы с помощью UGENE Workflow Designer. Поиск шаблона результатов различных алгоритмов в последовательности нуклеиновой кислоты с помощью UGENE Query Designer Визуализация данных секвенирования следующего поколения (файлы BAM) с помощью браузера сборок UGENE. ПЦР in silico Ассемблер Spade (Spanning-tree Progression Analysis of Density-normalized Events) de novo

Программа позволяет конструировать и анализировать компьютерные модели микробных сообществ с учётом следующих уровней биологической организации: генетического, метаболического, организменного, популяционного, экологического. Программа строит модель многовидового микробного сообщества, функционирование клеток каждого вида в котором описывается генной/метаболической сетью, а также процессами транспорта метаболитов в среде обитания (биореакторе).