Биореактивы

5-Этинилуридин (EU) — широко используемый в молекулярной биологии реагент для изучения и оценки синтеза РНК. EU свободно проникает в клетки и фосфорилируется киназами в рамках дополнительного пути синтеза пиримидиновых нуклеотидов. Образовавшийся 5-этинилуридин-5’-трифосфат с помощью РНК-полимераз I, II, III встраивается в образующуюся de novo РНК вместо уридина, при этом не встраиваясь в ДНК. Клеточная РНК, содержащая модифицированный уридин, может быть достаточно быстро и с высокой чувствительностью детектирована с использованием клик-реакции и последующей флуоресцентной визуализации. Так, алкинильная группа в пятом положении уридина в структуре образовавшейся РНК реагирует с азидами флуоресцентных красителей или биотина по реакции медь-катализируемого циклоприсоединения (CuAAC). Меченая РНК может быть детектирована различными методами, например с использованием флуоресцентной микроскопии или проточной цитометрии, что позволяет оценить уровни транскрипции в клетке. Кроме этого, в экспериментах in vivo 5-этинилуридин имеет преимущество перед своим аналогом, 5-бромоуридином, поскольку азиды флуоресцентных красителей обладают гораздо лучшей проникающей способностью в ткани по сравнению с антителами, которые используются для детекции 5-бромоуридина. Это позволяет использовать для анализа крупные образцы тканей и органов и окрашивать их целиком.

Набор содержит концентрированный раствор флуоресцентного красителя QuDye HS reagent, буфер для разведения и стандарты концентрации ДНК (0 и 10 нг/мкл). При смешивании с образцом, краситель селективно связывается с двухцепочечной ДНК, но не с РНК, обеспечивая точное измерение концентрации от 10 пг/мкл до 100 нг/мкл (начальная концентрация образца). Анализ выполняется при комнатной температуре, уровень флуоресценции остается стабильным в течение 3 часов. На измерение концентрации не оказывают влияния примеси (белки, отдельные нуклеотиды, соли, детергенты и др.) Флуориметр позволяет проводить измерения в 200 мкл (при объеме исходного образца 1-20 мкл). Кроме того, краситель QuDye HS reagent обладает очень широким линейным диапазоном зависимости уровня сигнала от концентрации dsDNA. Эти два фактора делают данный набор быстрым и удобным средством количественного определения двухцепочечной ДНК.

TE-L-Тирозин (трет-бутиловый эфир O-(2-тозилоксиэтил)-N-тритил-L-тирозина, или ТЭТ) — предшественник O-(2-[18F]фторэтил)-L-тирозина (ФЭТ), меченого F-18 аминокислотного трейсера, применяемого в позитронно-эмиссионной и компьютерной томографии (ПЭТ-КТ). ФЭТ широко применяется в клинических исследованиях для визуализации транспорта аминокислоты в опухолях мозга, а также дифференциации опухолевых тканей.

Дибензоциклооктин (ДБЦО, DBCO, ADIBO) - один из самых реакционноспособных циклоалкинов для реакций безмедной клик-химии (т.н. SPAAC, стерически промотируемого алкин-азидного циклоприсоединения). Скорость взаимодействия ДБЦО с азидами значительно выше, чем у других циклооктинов, а также Cu-катализируемой клик-реакции (CuAAC). В отличие от других циклооктинов, DBCO не вступает во взаимодействие с тетразинами, что позволят использовать его в биоортогональных реакциях совместно с транс-циклооктенами и тетразинами. AF 647 — яркий флуоресцентный краситель, излучающий в дальнем красном канале, с высоким квантовым выходом флуоресценции и высокой фотостабильностью. AF 647 — водорастворимый краситель, нечувствительный к рН. Спектр AF 647 сильно отстоит от зелено-желтых длин волн, что делает этот флуорофор незаменимым для микроскопии биологических тканей с высокой автофлуоресценцией. AF 647 ДБЦО позволяет проводить флуоресцентное мечение азид-содержащих биомолекул внутри живых клеток, целых организмов и неживых образцах.

Флуоресцентный краситель Тетраметилроданин (иначе TAMRA), содержащий азидную группу. Чистый 6-изомер. Предназначен для модификации с помощью click-реакций. Эмиссия в оранжевой области спектра. Кристаллическое вещество от светло-голубого до фиолетового цвета. Хорошо растворим в диметилсульфоксиде, диметилформамиде и других полярных растворителях.

Церамиды являются предшественниками сфинголипидов, состоящими из сфингозина и жирной кислоты, соединенных между собой амидной связью. BDP FL церамид представляет собой синтетический флуоресцентный липид, конъюгат зеленого флуоресцентного красителя BDP FL со сфингозином. Внутри клетки BDP FL церамид включается в мембраны аппарата Гольджи, поэтому данный краситель широко используется в клеточной биологии для визуализации аппарата Гольджи в живых и фиксированных клетках методами флуоресцентной микроскопии.

Cyanine7 ДБЦО — реагент, содержащий краситель для ближнего ИК-диапазона, конъюгированный с циклоалкином для стерически промотированного циклоприсоединения к азидам. Азодибензоциклооктин (DBCO, ADIBO) — стабильный, но при этом активный циклоалкиновый фрагмент, очень быстро реагирующий с азидами.

Флуоресцентный краситель флуоресцеин, содержащий азидную группу. Чистый 6-изомер. Предназначен для модификации с помощью click-реакций. Эмиссия в зеленой области спектра. Кристаллическое вещество от светло-желтого до оранжевого цвета. Хорошо растворим в диметилсульфоксиде, диметилформамиде и других полярных растворителях.

Набор предназначен для выделения тотальной ДНК (геномной, митохондриальной и вирусной) из биологических образцов на спин-колонках. В набор входят все необходимые компоненты. На первом этапе с помощью лизирующего раствора с добавлением протеиназы К осуществляется лизис клеток. После этого лизат наносят на колонку, при этом лизирующий раствор способствует селективному связыванию ДНК с мембраной колонки. На следующем этапе производится серия последовательных промывок ДНК, сорбированной на колонке. Особый состав промывочных растворов способствует полному удалению примесей. На заключительном этапе ДНК элюируется с колонки специально подобранным буфером или, при необходимости, деионизованной водой.

Смесь дезоксинуклеотидов dNTP представляет собой эквимолярный раствор высокоочищенных 2’-дезоксинуклеозид-5’-трифосфатов (dATP, dTTP, dGTP, dCTP). Смесь dNTP предназначена для использования с ДНК-полимеразами в различных приложениях, в том числе в ПЦР, обратной транскрипции и других реакциях синтеза ДНК.

Сайт узнавания: GAGTCNNNN↑NN CTCAGNNNNNN Источник: Bacillus stearothermophilus 9 Описание: Сайт-специфическая эндонуклеаза, которая разрезает только одну цепь двухцепочечной субстратной ДНК. Определение единицы активности: За одну единицу активности принимали количество фермента необходимое для полного гидролиза 1 мкг ДНК фага Т7 за 1 час при 550С Реакционный буфер: SE-буфер N.Bst9 I Условия хранения: 10 mM Tris-HCl (pH 7.5); 50 mM KCl; 0.5 mM EDTA; 1 mM 2-меркаптоэтанол; 50% глицерин. Хранить при -20°С. Лигирование: После гидролиза 5-кратным избытком фермента более 90% фрагментов ДНК фага Т7 сшиваются ДНК-лигазой и могут быть повторно расщеплены. С ферментом поставляется: 10 Х SE-буфер N.Bst9I Примечание: Использование высоких концентраций фермента, а также условия реакции отличные от оптимальных, могут приводить к появлению звездчатой активности. Фермент способен расщеплять одноцепочечную ДНК.

Описание: Представляет собой ДНК фага Лямбда гидролизованную ферментом Bgl I с образованием 30 фрагментов пригодных для использования в качестве стандарта молекулярных весов в агарозном гель-электрофорезе. Длины фрагментов Длина фрагмента, п.н. Длина фрагмента, п.н. Длина фрагмента, п.н. Длина фрагмента, п.н. 16179 1249 499 126 9649 1203 489 126 3009 1138 447 115 2481 790 404 91 2256 773 366 51 1650 669 267 9 1446 621 210 1441 562 186 Условия хранения: 10 mM Tris-HCl (pH 7.8); 1 mM EDTA. Хранить при – 20°С. Примечание: Рекомендуется наносить 1 мкг ДНК маркера на 1 дорожку. Перед использованием в ДНК маркер добавить1/10 объема SE-буфера для нанесения с красителем. Маркер с красителем может храниться при 4-8°С в течение 6 месяцев.