sulfo-Cyanine5.5 dUTP

ExoGen представляет собой готовую для использования смесь ферментов Genta-ExoI экзонуклеазы I и термолабильной щелочной фосфатазы Genta-ALP в реакционном буфере. Смесь ExoGen применяется для ферментативного гидролиза избыточного количества праймеров и нуклеотидов в продуктах ПЦР (ампликонах). Очищенные таким образом ПЦР-продукты пригодны для дальнейшего использования в различных биологических приложениях, таких как клонирование и ДНК-секвенирование.

5-кратный реакционный буфер, не содержащий сульфат магния.

5х Genta ТЕ-буфер для разведения нуклеиновых кислот. Состав: 10 мМ Трис*НCl, 1 мМ ЭДТА, pH 8,0. Приготовлен на сверхчистой воде.

sulfo-Cyanine5 dUTP - модифицированный трифосфат для ферментативного мечения ДНК, аналог Cy5-dUTP. В отличие от трифосфатов, содержащих краситель, напрямую связанный с аминоаллил-dUTP, этот трифосфат содержит линкер, повышающий эффективность его встраивания обычными полимеразами типа Taq-полимеразы. sulfo-Cyanine5 - яркий краситель для дальней красной области (канал Cy5). Трифосфат поставляется в виде лиофилизированной литиевой соли.

Материал для проведения процедуры. Для исследования подходят образцы цельной крови, обработанные такими антикоагулянтами как цитрат, ЭДТА, гепарин. Можно использовать как свежие, так и замороженные образцы. Выход и качество очищенной ДНК зависят от условий хранения крови. Аналитические характеристики. Набор реагентов «ALPREP Spin Blood Auto» обеспечивает выделение ДНК с чистотой не менее 1,8 по показателю соотношения А260/А280; количество выделяемой ДНК составляет не менее 2–10 мкг.

Олигонуклеотид с 10 полностью вырожденными нуклеотидами, может быть использован как универсальный праймер для синтеза кДНК методом обратной транскрипции и ПЦР с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР). Случайный декануклеотидный праймер является одним из популярных стоковых олигонуклеотидов.

dsGreen - чувствительный ДНК-связывающий краситель, специфичный в отношении двухцепочечной ДНК и ДНК-РНК-дуплексов. Он широко используется для детекции нуклеиновых кислот в агарозных и полиакриламидных гелях. В отличие от бромистого этидия, dsGreen высокоселективен в отношении двухцепочечных нуклеиновых кислот, не обладает выраженной мутагенной активностью и обеспечивает намного более высокую чувствительность обнаружения нуклеиновых кислот.

Краситель dsGreen обладает высокой чувствительностью и селективностью в отношении двухцепочечной ДНК. dsGreen применяется для связывания с ДНК и прокраски гелей. Данный продукт представлен в виде твердой формы и может быть использован для приготовления растворов согласно протоколам проводимых исследований. Lumiprobe также производит dsGreen в форме раствора, специально оптимизированного для метода ПЦР реального времени.

Смесь дНТФ представляет собой водный раствор четырех высокоочищенных ,2’-дезоксинуклеозид-5’-трифосфатов (дАТФ, дТТФ, дГТФ, дЦТФ) в эквимолярной концентрации.

Магнитный сорбент ExtraGen® представляет собой водную суспензию твердофазных магнитных частиц на основе оксида железа и оксида кремния. Он предназначен для выделения нуклеиновых кислот из клинических и биологических образцов. Суспензия магнитного сорбента обладает «промежуточной» седиментационной устойчивостью, что особенно важно при использовании материала в автоматических системах выделения ДНК. Частицы ExtraGen® устойчивы к нагреву, сильным окислителям и интенсивным механическим воздей­ствиям (центрифугирование, дисперги­рование и т.п.). Использование фирменного буферного раствора позволяет хранить частицы при комнатной температуре в течение года без ухудшения их сорбционных свойств. Как показали испытания, сорбент ExtraGen® проявляет высокую эффективность при выделении нуклеиновых кислот как в ручном режиме, так и с использованием автоматических станций.

Амино-11-dUTP - трифосфат с аминогруппой, обеспечивающий более высокую эффективность мечения ДНК в сравнении с традиционным аминоаллил-dUTP. Удлиненный линкер этого трифосфата обеспечивает как более эффективное ферментативное включение трифосфата, так и более высокую степень мечения амино-модифицированной ДНК активированными эфирами. Амино-11-dUTP совместим с ПЦР, обратной транскрипцией и ник-трансляцией. Нуклеотид эффективно включается Taq-полимеразой, фрагментом Кленова и обратными транскриптазами. Последующая реакция амино-ДНК с активированными эфирами позволяет получать меченые ДНК.

6-FAM-11-2’-дезоксиуридин-5’-трифосфат, трилитиевая соль, является широко используемым соединением для нерадиоактивного мечения ДНК. FAM — флуоресцеин, популярный краситель с эмиссией в зеленой области спектра, с максимумом флуоресценции при 513 нм. Данное производное представляет собой чистый 6-изомер FAM. 6-FAM-11-dUTP — модифицированный трифосфат, способный встраиваться в ДНК вместо dTTP различными ферментами, в том числе фрагментом Кленова, Taq-полизмеразой, ДНК-полимеразой I, Phi 29 полимеразой, обратной транскриптазой или терминальной трансферазой. В отличие от трифосфатов с красителем, напрямую связанным с аминоаллил-dUTP, этот трифосфат содержит линкер из 11 атомов между флуорофором и азотистым основанием. Такая длина линкера предотвращает возможное статическое тушение FAM-метки, а также повышает эффективность инкорпорирования нуклеотида во время синтеза цепи ДНК. FAM-11-dUTP можно использовать для получения меченого продукта во время ПЦР и синтеза кДНК, получения меченых ДНК-зондов методом случайных праймеров или Nick-трансляции. Полученные флуоресцентно-меченные ДНК-зонды могут быть использованы для идентификации исследуемых последовательностей с помощью Саузерн-блота, Нозерн-блота, гибридизации in situ или при анализе с использованием микрочипов.

dsGold (также известен как Oxazole Gold) является асимметричным цианиновым красителем, используемым для окрашивания дцДНК, оцДНК и РНК в электрофоретических гелях. dsGold демонстрирует более чем 1000-кратное увеличение флуоресценции при связывании с нуклеиновыми кислотами и имеет самый высокий квантовый выход (0,6-0,7) по сравнению с другими красителями, такими как бромистый этидий (EtBr), dsGreen и ssGreen. Комплексы красителя с нуклеиновыми кислотами имеют два максимума возбуждения флуоресценции — при 300 нм и 495 нм, и один максимум излучения при 546 нм. Таким образом, гели, окрашенные с помощью dsGold, могут быть визуализированы с использованием как ультрафиолетовых, так и синих транслиминаторов с соответствующими светофильтрами. Чувствительность dsGold позволяет обнаруживать всего 25 пг ДНК в денатурирующих гелях с мочевиной, глиоксалом и формальдегидом. Краситель способен быстро проникать в толстые и высокопроцентные агарозные гели. Из-за низкой флуоресценции несвязанного красителя, гели с формальдегидом не требуют процедуры удаления красителя. Присутствие dsGold в окрашенных гелях в стандартных рабочих концентрациях не мешает Т4 ДНК-лигазе, Taq-полимеразе, эндонуклеазам рестрикции или нозерн- или Саузерн-блоттингу. Краситель можно легко удалить из нуклеиновых кислот путем осаждения этанолом, оставляя чистые матрицы доступными для последующих манипуляций или анализа. Мы предлагаем dsGold в виде 10 000-кратного концентрата в ДМСО. Для окрашивания геля разведите концентрат в буфере TE, TBE или TAE и инкубируйте гель в 1× окрашивающем растворе в течение 10-40 мин.

6-Флуоресцеиновое (FAM) производное дезоксицитидинтрифосфата (dCTP). 6-изомер FAM — широко используемый для мечения биомолекул флуорофор, обладающий высоким квантовым выходом и яркой эмиссией в зеленой области спектра. FAM-11-dCTP может применяться для ферментативного мечения ДНК посредством Nick-трансляции, 3’-концевого мечения, в методе случайных праймеров, в процессе ПЦР или синтеза кДНК. FAM-11-dCTP встраивается в растущую цепь ДНК Taq-полизмеразой, ДНК-полимеразой I, Phi 29 полимеразой, фрагментом Кленова, обратной транскриптазой или терминальной трансферазой. Длина линкера из 11 атомов углерода оптимальна для эффективного включения флуоресцентно-меченого dCTP в растущую цепь ДНК. Меченная таким образом ДНК подходит для FISH-экспериментов или определения профиля экспрессии генов с помощью микрочипов, а также для использования в Саузерн-блоте и Нозерн-блоте.

Меченые нуклеозидтрифосфаты (dNTP) позволяют легко метить молекулы ДНК ферментативным путем. Таким способом получают ДНК-микрочипы, ПЦР-ампликоны и обратные транскрипты. sulfo-Cyanine3 - краситель, обладающий эмиссией в желтой части спектра. Наряду с sulfo-Cyanine5, это один из стандартных флуорофоров для проведения экспериментов на ДНК-чипах. sulfo-Cyanine3 dUTP - трифосфат, обеспечивающий высокую эффективность реакций мечения даже при использовании простых ферментов, таких как Taq-полимераза. Качество каждой партии контролируется с помощью ВЭЖХ-МС и тестирования в ферментативной реакции.