6-FAM-11-2’-дезоксиуридин-5’-трифосфат, трилитиевая соль, является широко используемым соединением для нерадиоактивного мечения ДНК.
FAM — флуоресцеин, популярный краситель с эмиссией в зеленой области спектра, с максимумом флуоресценции при 513 нм. Данное производное представляет собой чистый 6-изомер FAM.
6-FAM-11-dUTP — модифицированный трифосфат, способный встраиваться в ДНК вместо dTTP различными ферментами, в том числе фрагментом Кленова, Taq-полизмеразой, ДНК-полимеразой I, Phi 29 полимеразой, обратной транскриптазой или терминальной трансферазой.
В отличие от трифосфатов с красителем, напрямую связанным с аминоаллил-dUTP, этот трифосфат содержит линкер из 11 атомов между флуорофором и азотистым основанием. Такая длина линкера предотвращает возможное статическое тушение FAM-метки, а также повышает эффективность инкорпорирования нуклеотида во время синтеза цепи ДНК.
FAM-11-dUTP можно использовать для получения меченого продукта во время ПЦР и синтеза кДНК, получения меченых ДНК-зондов методом случайных праймеров или Nick-трансляции. Полученные флуоресцентно-меченные ДНК-зонды могут быть использованы для идентификации исследуемых последовательностей с помощью Саузерн-блота, Нозерн-блота, гибридизации in situ или при анализе с использованием микрочипов.