DND-167, синий флуоресцентный индикатор pH

Тетраметилродамин (TAMRA) - ксантеновый краситель с эмиссией в оранжевой области. Этот краситель является FRET-акцептором для флуоресцеина (FAM) и иногда используется как тушитель для него. TAMRA, как и другие ксантены, существует в виде двух изомеров (5- и 6-), обладающих очень близкими спектральными свойствами. Этот азид - производное 6-TAMRA. Его можно конъюгировать с терминальными алкинами с помощью медь-катализируемой реакции клик-химии (CuААЦ) , а также с напряженными циклоалкинами (например, циклооктинами) по реакции стерически промотируемого алкин-азидного циклоприсоединения (СПААЦ).

Флуоресцентный краситель метокси-хлор-флуоресцеин (иначе JOE), содержащий азидную группу. Чистый 5-изомер. Предназначен для модификации с помощью click-реакций. Эмиссия в желтой области спектра. Кристаллическое вещество от оранжевого до коричневого цвета. Хорошо растворим в диметилсульфоксиде, диметилформамиде и других полярных растворителях.

LUCS 13 — проникающий в клетки ядерный краситель, имеющий яркую зеленую флуоресценцию при связывании с нуклеиновыми кислотами. LUCS 13 является полным структурным аналогом SYTO®13. LUCS 13 используют для окрашивания РНК и ДНК как в живых, так и в мертвых эукариотических клетках, а также грамположительных и грамотрицательных бактерий. Краситель возбуждается при 488 нм, эмиссия регистрируется во флуоресцеиновом канале с пиком 509 нм после связывания с ДНК и 514 нм после связывания с РНК. Краситель может использоваться совместно с непроникающими в живые клетки ядерными маркерами, такими как YoDi-3, для оценки клеточной выживаемости методами флуоресцентной микроскопии и проточной цитометрии.

AF 430 — гидрофильный флуорофор. Он используется в проточной цитометрии и других флуоресцентных методах. Функциональная группа — активированный эфир — позволяет проводить эффективную конъюгацию флуорофора с первичными и вторичными аминами (в том числе белками и антителами) в среде водных буферов и безводных органических растворителях.

Ретикулоциты представляют собой незрелые красные клетки крови, образующиеся в костном мозге и поступающие в периферическую кровь, где они созревают в эритроциты. Увеличение или уменьшение количества ретикулоцитов может указывать на активность эритропоэза или его недостаточность, в частности, на нарушения, связанные с анемиями и дисфункцией костного мозга. У млекопитающих ретикулоциты, как и зрелые эритроциты, лишены клеточного ядра, но в них присутствуют остаточные органеллы (рибосомы и митохондрии) и содержащиеся в них РНК и ДНК. Этот признак отличает ретикулоциты от зрелых эритроцитов. Красители нуклеиновых кислот, такие как тиазоловый оранжевый, выявляют сетчатую структуру рибосомной РНК (рРНК) в ретикулоцитах, и позволяют визуально их отличать от зрелых эритроцитов. Также окрашивание тиазоловым оранжевым позволяет дифференцировать глазами стадию созревания ретикулоцитов — новые клетки содержат больше РНК, чем зрелые ретикулоциты, имеющие низкое содержание РНК. LumiCell Reticulocyte Stain (также известен как BD Retic-Count™ reagent, 349204) представляет собой готовый к использованию раствор тиазолового оранжевого для определения числа ретикулоцитов в периферической крови человека. Тиазоловый оранжевый связывается с рРНК и ДНК, образуя флуоресцентный комплекс с поглощением при 509 нм и испусканием при 532 нм. LumiCell Reticulocyte Stain подходит как для микроскопии, так и для проточной цитометрии.

Cyanine7.5 - краситель для ближней ИК-области с большими длинами волн поглощения и эмиссии. Данный продукт - активированный эфир красителя Cyanine7.5, подходящий для мечения аминогрупп в белках, пептидах и других молекулах. Излучение ближнего ИК-диапазона легко проникает через биологические ткани благодаря наличию "инфракрасного окна" - области от 650 до 1350 нм, в которой отсутствует поглощение природных биомолекул. Поэтому инфракрасные флуорофоры позволяют проводить неинвазивную визуализацию распределения меченых белков и других молекул в живом организме. По спектральным свойствам Cyanine7.5 напоминает краситель ICG (индоцианин зеленый, indocyanine green), но имеет увеличенный квантовый выход флуоресценции благодаря особенностям химической структуры. Для мечения белков этим красителем мы рекомендуем воспользоваться нашим протоколом.

JC-1 представляет собой катионный карбоцианиновый краситель, который накапливается в митохондриях живых клеток потенциал-зависимым образом. В низких концентрациях и на деполяризованных мембранах краситель существует в виде зеленого флуоресцентного мономера. При более высоких концентрациях (водные растворы выше 0,1 мкМ) и на гиперполяризованных мембранах краситель образует J-агрегаты, которые имеют эмиссию в оранжевом канале. Здоровые клетки имеют высокий митохондриальный мембранный потенциал, а снижение митохондриального мембранного потенциала является маркером ранней стадии апоптоза. Это позволяет использовать изменения соотношения оранжевой/зеленой флуоресценции JC-1 для различения здоровых и деполяризованных митохондрий. Соотношение красной/зеленой флуоресценции JC-1 зависит только от потенциала митохондриальной мембраны, но не от других факторов, таких как размер, форма и плотность митохондрий.

ROX (родамин X) - яркий родаминовый краситель для канала ROX. Карбоксиродамины доступны в виде двух изомеров. Этот продукт - производное 5-карбокси-ROX.

Окрашивание по Нисслю — широко используемый гистологический метод визуализации морфологии нервной ткани. Метод основан на взаимодействии основных красителей с нуклеиновыми кислотами клеток. Из-за интенсивного синтеза белка, перикарион нейронов имеет высокое содержание рибосомальной РНК в шероховатом эндоплазматическом ретикулуме (т.н. «вещество Ниссля»), и в следствие этого, окрашивание нейронов основными красителями в цитоплазме более выражено, чем в ядрах. На этом основании окрашенные по Нисслю нейроны можно отличить от глиальных клеток, а данный метод считается специфичным для обнаружения нейронов. Deep-Red Fluorescent Nissl Stain — непроникающий в живые клетки краситель, который не флуоресцирует в отсутствие нуклеиновых кислот. Краситель многократно усиливает свою флуоресценцию при связывании с РНК и ДНК. Длинноволновая флуоресценция Deep-Red Fluorescent Nissl Stain сильно отстоит от зеленого и красного каналов, что делает этот краситель идеальным для экспериментов с многоцветным флуоресцентным мечением.

Аннексин V (или Аннексин A5) принадлежит семейству аннексинов, внутриклеточных белков, связывающих фосфолипиды. Аннексин V обычно используется в проточной цитометрии и флуоресцентной микроскопии для определения апоптотических клеток, благодаря его способности специфически связываться с фосфатидилсерином (ФС) кальций-зависимым образом. Метод был впервые описан Koopman с соавт. (1994) [1]. В здоровых клетках ФС содержится только с внутренней стороны плазматической мембраны. Во время апоптоза мембранная асимметрия исчезает, ФС перемещается на наружную сторону мембраны и становится доступным для связывания флуоресцентно меченным Аннексином V. В сочетании с другими прижизненными красителями, такими как йодистый пропидий (PI), метод позволяет различать популяции здоровых (Annexin−PI−), апоптотических (Annexin+PI−) и некротических (Annexin+PI+) клеток [2].Готовый набор содержит все необходимые реагенты для мечения апоптотических клеток с помощью Аннексина V, конъюгированного с AF 647, и PI. AF 647 — яркий флуоресцентный краситель, излучающий в дальнем красном канале, с высоким квантовым выходом флуоресценции и высокой фотостабильностью. Спектр AF 647 сильно отстоит от зелено-желтых длин волн, что делает этот флуорофор незаменимым для мечения клеток, обладающих высокой автофлуоресценцией. Максимум поглощения красителя — 655 нм. Максимум эмиссии — 680 нм. PI — непроницаемый сквозь плазматическую мембрану ДНК-краситель, позволяющий различать популяции некротических, апоптотических и здоровых клеток на основе целостности мембраны. После связывания с ДНК краситель излучает в оранжево-красном канале. Максимум поглощения — 535 нм. Максимум эмиссии — 617 нм.

HMRhoNox-M (также известный как LysoRhoNox) — Fe2+-селективный флуоресцентный индикатор, основанный на контролируемой N-оксидом спироциклизации тетраметил-гидроксиметилродамина. В отсутствие Fe2+ HMRhoNox-M находится в нефлуоресцентной спироциклической форме, демонстрируя лишь незначительную флуоресценцию в водных буферах и при физиологическом значении рН. Добавление Fe2+ вызывает 60-кратное увеличение флуоресценции при 575 нм за счет дезоксигенации диалкиламиногруппы и перехода индикатора в открытую флуоресцентную форму. HMRhoNox-M реагирует на Fe2+ дозозависимым образом. Флуоресцентный ответ HMRhoNox-M высокоизбирателен к Fe2+и не возникает на ионы других переходных металлов, включая Fe3+, а также ионы щелочных и щелочноземельных металлов. HMRhoNox-M — проникающий в клетки и локализующийся в основном в лизосомах индикатор. Он подходит для мониторинга изменений содержания эндогенного лабильного железа в живых клетках, в том числе захвата и транспорта железа трансферрином.

LumiTracker Lyso Green — краситель, свободно проникающий через клеточные мембраны без использования дополнительных детергентов и концентрирующийся в органеллах с низким pH, например, лизосомах. В отличие от 2,4-динитрофенола (DNP), этот краситель не требует использования антител для визуализации органелл. В структуру молекулы LumiTracker Lyso Green входит бордипиррометен (BDP), что придает ей выраженные гидрофобные свойства и обеспечивает хорошую проникающую способность через мембрану клетки. Кроме этого, краситель содержит в своей структуре аминогруппу, которая выступает в роли слабого основания. В нейтральной среде она не полностью протонирована, и молекула красителя остается относительно нейтральной, что способствует лучшему проникновению через клеточную мембрану. Предположительно, попадая в лизосомы с кислой средой, краситель протонируется и таким образом удерживается в составе органеллы с низким pH. Мечение живых клеток проводится с использованием наномолярных концентраций LumiTracker Lyso Green, и окрашивание проходит в течение нескольких минут. LumiTracker Lyso Green может влиять на лизосомальный pH, так что более длительная инкубация может вызвать его повышение, поэтому окрашивание рекомендуется проводить в течение 3-7 минут при 37°C (в зависимости от клеточной линии и протокола окрашивания) перед визуализацией с использованием флуоресцентной микроскопии. LumiTracker Lyso Green имеет максимум поглощения при 504 нм и максимум флуоресценции при 511 нм. Для визуализации лизосом мы также предлагаем LumiTracker Lyso Red для красного канала (максимумы поглощения и флуоресценции при 577 нм и 590 нм, соответственно). LumiTracker Lyso Green поставляется в виде 1 mM раствора в ДМСО.

Гидроксисукцинимидный активированный эфир флуоресцентного красителя Cyanine7 (флуоресцирующего в ближней ИК-области), усовершенствованный аналог Cy7®. Биологические ткани имеют «окно прозрачности» в ближней инфракрасной области спектра, поскольку никакие биомолекулы не поглощают электромагнитное излучение длиной от 650 до 1350 нм. Используя флуорофоры ближней ИК-области, можно получать изображения распределения меченых белков в организме in vivo, что весьма ценно для изучения фармакокинетики. Данный реагент применяется для мечения биомолекул красителем Cyanine7, в том числе для последующего использования в экспериментах in vivo. Предлагаемая нами структура Cyanine7 характеризуется повышенной жесткостью полиметиновой цепочки красителя, обеспеченной включением ее в состав циклогексенового кольца. Это усовершенствование, введенное нами в молекулу, позволяет увеличить квантовый выход и соответственно яркость флуоресценции на 20% по сравнению с красителем со стандартной структурой. При проведении реакций мечения в водной среде мы рекомендуем использовать данный реагент в виде раствора в DMF или DMSO в сооответствии с нашим рекомендуемым протоколом. Мы также предлагаем водорастворимый аналог - активированный эфир sulfo-Cyanine7 , который можно применять для мечения белков без органического растворителя.

AF 488 — яркий и фотостабильный краситель. Благодаря своей гидрофильности, он хорошо подходит для мечения чувствительных белков и антител. Он предназначен для различных применений, включая микроскопию. AF 488 представляет собой сульфированный родаминовый краситель — родамин 110 (R110). Как и другие родамины, AF 488 представлен двумя изомерами, 5- и 6-. Они обладают практически идентичными фотофизическими свойствами. Изомеры требуют разделения, использование смеси изомеров может вести к «двоению» пиков меченых продуктов при ВЭЖХ и электрофоретическом разделении. Данный продукт содержит изомерно чистый 5-AF 488. Активированные эфиры обладают реакционной способностью в отношении первичных и вторичных аминогрупп. С их помощью можно метить аминогруппы в белках, пептидах, амино-модифицированных олигонуклеотидах и других целевых молекулах.

Реакционноспособное производное красителя Cyanine5.5, активированный N-гидроксисукцинимидный (NHS) эфир. Применяется для мечения аминогрупп в пептидах, белках и олигонуклеотидах. Cyanine5.5 излучает в дальней красной - ближней ИК области. Такая флуоресценция хорошо подходит для тех случаев, когда важно минимизировать влияние фоновой флуоресценции. Краситель также подходит для неинвазивного имэджинга животных в ближнем ИК-излучении. Реагент может использоваться вместо NHS-производных Cy5.5®, DyLight 680.

Флуоресцентный краситель метокси-хлор-флуоресцеин (иначе JOE), содержащий азидную группу. Чистый 5-изомер. Предназначен для модификации с помощью click-реакций. Эмиссия в желтой области спектра. Кристаллическое вещество от оранжевого до коричневого цвета. Хорошо растворим в диметилсульфоксиде, диметилформамиде и других полярных растворителях.

DusQ 3 NHS активированный эфир представляет собой производное тушителя флуоресценции DusQ 3 для конъюгации с аминогруппами белков, олигонуклеотидов. Демонстрирует наиболее эффективное ковалентное связывание в диапазоне значений pH 7-9. DusQ 3 используется в качестве акцептора для флуорогенных зондов с двойной меткой, зондов для количественной ПЦР, секвенирования и других областей применения комбинации репортер-гаситель. Для DusQ 3 характерным является диапазон поглощения 620-730 нм, благодаря чему в методах, основанных на резонансном переносе флуоресцентной энергии (FRET), он служит акцептором в сочетании с флуорофорами с эмиссией в диапазоне от дальнего красного до ближнего-ИК таких, как Cyanine5, Cyanine5.5, AF 647.