Пирен - полициклический ароматический углеводород, флуоресцирующий в синей части спектра. Когда два остатка пирена расположены на небольшом расстоянии, в более длинноволновой области наблюдается флуоресценция эксимера. Поэтому пирен можно использовать в качестве метки для определения сближения биомолекул.
Пирен имеет сродство к графиту и может использоваться в качестве якорной группы. Поэтому с помощью активированного эфира пиренилмасляной кислоты можно модифицировать биомолекулы для их иммобилизации на графите.
С помощью этого активированного эфира остаток пирена можно вводить в биомолекулы, содержащие аминогруппы, например, в белки, пептиды, амино-ДНК и другие молекулы.
Пирен - FRET-донор для перилена.