В процессе выделения целостность РНК сохраняется. Целостность выделяемой РНК зависит от условий хранения, получения и типа образца. При работе с коллекционными образцами либо с образцами с высокой стадией деградации возможно выделение лишь фрагментированной РНК из-за её деградации в таких образцах.